ძირითადი განსხვავება - ქრომოსომის სიარული vs jumping
ქრომოსომის სიარული და ქრომოსომული ხტომა არის ორი ტექნიკური ინსტრუმენტი, რომელიც გამოიყენება მოლეკულურ ბიოლოგიაში ქრომოსომებზე გენების ადგილმდებარეობისა და გენომების ფიზიკური რუკის დასადგენად. ქრომოსომით სიარული არის ტექნიკა, რომელიც გამოიყენება გენომიურ ბიბლიოთეკაში სამიზნე გენის კლონირებისთვის გენომიური ბიბლიოთეკის მიმდებარე კლონების განმეორებითი იზოლაციითა და კლონირებით. ქრომოსომული ხტომა არის ქრომოსომული სიარულის სპეციალური ვერსია, რომელიც გადალახავს ქრომოსომული სიარულის წყვეტის წერტილებს. ქრომოსომულ სიარულს შეუძლია მხოლოდ ქრომოსომების მცირე სიგრძის თანმიმდევრობა და დახატვა, ხოლო ქრომოსომული ხტომა ქრომოსომების დიდი ნაწილების თანმიმდევრობის საშუალებას იძლევა.ეს არის მთავარი განსხვავება ქრომოსომულ სიარულსა და ქრომოსომულ ხტომას შორის.
რა არის ქრომოსომული სიარული?
ქრომოსომის სიარული არის ინსტრუმენტი, რომელიც იკვლევს ქრომოსომების უცნობ მიმდევრობის რეგიონებს გადაფარვის შეზღუდვის ფრაგმენტების გამოყენებით. ქრომოსომული სიარულის დროს, ცნობილი გენის ნაწილი გამოიყენება როგორც ზონდი და გრძელდება ქრომოსომის სრული სიგრძის დახასიათება, რომელიც უნდა იყოს გამოსახული ან თანმიმდევრული. ეს მიდის მარკერიდან სამიზნე სიგრძემდე. ქრომოსომული სიარულის დროს, თითოეული გადახურული ფრაგმენტის ბოლოები გამოიყენება ჰიბრიდიზაციისთვის შემდეგი თანმიმდევრობის დასადგენად.
ზონდები მზადდება კლონირებული დნმ-ის ბოლო ნაწილებიდან და ხდება მათი ქვეკლონირება. შემდეგ ისინი გამოიყენება შემდეგი გადაფარვის ფრაგმენტის მოსაძებნად. ყველა ეს გადახურული თანმიმდევრობა გამოიყენება ქრომოსომის გენეტიკური რუქის ასაგებად და სამიზნე გენების დასადგენად. ეს არის დნმ-ის გრძელი მონაკვეთების ანალიზის მეთოდი გადახურული გენომის ბიბლიოთეკიდან მცირე გადახურული ფრაგმენტებით.
ქრომოსომით სიარულის ტექნიკა – ნაბიჯები
-
დნმ-ის ფრაგმენტის იზოლაცია, რომელიც შეიცავს ცნობილ გენს ან მარკერს სამიზნე გენის მახლობლად
- შერჩეული ფრაგმენტის შეზღუდვის რუკის მომზადება და ფრაგმენტის ბოლო რეგიონის სუბკლონირება ზონდად გამოსაყენებლად
- ზონდის ჰიბრიდიზაცია შემდეგი გადაფარვითი ფრაგმენტით
- 1 ფრაგმენტის შეზღუდვის რუქის მომზადება და 1 ფრაგმენტის ბოლო რეგიონის სუბკლონირება შემდეგი გადაფარვის ფრაგმენტის იდენტიფიკაციისთვის გამოსაკვლევად.
- ზონდის ჰიბრიდიზაცია შემდეგი გადაფარვითი ფრაგმენტით 2
- მე-2 ფრაგმენტის შეზღუდვის რუქის მომზადება და მე-2 ფრაგმენტის ბოლო რეგიონის სუბკლონირება, რომელიც გამოდგება შემდეგი გადაფარვის ფრაგმენტის იდენტიფიკაციისთვის.
ზემოხსენებული საფეხურები უნდა გაგრძელდეს სამიზნე გენამდე ან თანმიმდევრობის მთლიანი სიგრძის 3' ბოლომდე.
სურათი 01: ქრომოსომული სიარულის ტექნიკა
ქრომოსომული სიარული ციტოგენეტიკის მნიშვნელოვანი ასპექტია მრავალი ორგანიზმის SNP-ების პოვნაში და გენეტიკურად გადამდები დაავადებების ანალიზში და შესაბამისი გენების მუტაციების პოვნაში.
რა არის ქრომოსომული ხტომა?
ქრომოსომული ხტომა არის ტექნიკა, რომელიც გამოიყენება მოლეკულურ ბიოლოგიაში ორგანიზმების გენომის ფიზიკურ რუქაზე. ეს ტექნიკა დაინერგა ქრომოსომული სიარულის ბარიერის დასაძლევად, რომელიც წარმოიშვა კლონირების პროცესში განმეორებადი დნმ-ის უბნების აღმოჩენის შემდეგ. აქედან გამომდინარე, ქრომოსომული ხტომის ტექნიკა შეიძლება ჩაითვალოს ქრომოსომული სიარულის სპეციალურ ვერსიად. ეს არის სწრაფი მეთოდი ქრომოსომულ სიარულს შედარებით და იძლევა დნმ-ის განმეორებადი თანმიმდევრობების გვერდის ავლით, რომლებიც არ არიან მიდრეკილნი კლონირებად ქრომოსომული სიარულის დროს.ქრომოსომული ხტომა ავიწროებს უფსკრული სამიზნე გენსა და გენომის რუკებისთვის არსებულ ცნობილ მარკერებს შორის.
ქრომოსომის გადახტომის ხელსაწყო იწყება სპეციფიკური დნმ-ის ამოჭრით სპეციალური შეზღუდვის ენდონუკლეაზებით და ფრაგმენტების ცირკულირებულ მარყუჟებში მიმაგრებით. შემდეგ ცნობილი თანმიმდევრობიდან შექმნილი პრაიმერი გამოიყენება წრიული მარყუჟების თანმიმდევრობისთვის. ეს პრაიმერი ალტერნატიული გზით ხტუნვის და თანმიმდევრობის საშუალებას იძლევა. ამრიგად, მას შეუძლია გვერდის ავლით განმეორებადი დნმ-ის თანმიმდევრობები და სწრაფად გაიაროს ქრომოსომა სამიზნე გენის საძიებლად.
კისტოზური ფიბროზისთვის კოდირებული გენის აღმოჩენა განხორციელდა ქრომოსომული ხტომის ხელსაწყოს გამოყენებით. ერთად, ქრომოსომულმა ხტომამ და სიარულმა შეიძლება გააძლიეროს გენომის რუკის პროცესი.
სურათი 02: ქრომოსომის გადახტომა
რა განსხვავებაა ქრომოსომულ სიარულსა და ხტომას შორის?
ქრომოსომული სიარული vs ხტომა |
|
| ქრომოსომა არის ინსტრუმენტი, რომელიც გამოიყენება მოლეკულურ ბიოლოგიაში გენომის რუკების შესამოწმებლად და კონკრეტული გენების ადგილმდებარეობისთვის. | Chromosome jumping არის ინსტრუმენტი, რომელიც გამოიყენება გენომის ფიზიკური რუკების და ქრომოსომებში სამიზნე გენების სწრაფი აღმოსაჩენად. |
| მიმდევრობის შედარებითი სიგრძე | |
| მხოლოდ მცირე ფრაგმენტების კლონირება შესაძლებელია ქრომოსომული სიარულით. | ქრომოსომების უფრო დიდი სიგრძის გამოსახვა შესაძლებელია ქრომოსომული ნახტომით. |
| განმეორებადი დნმ-ის კლონირება ქრომოსომებში | |
| ქრომოსომული სიარულის ტექნიკას უჭირს ქრომოსომებში ნაპოვნი დნმ-ის განმეორებითი თანმიმდევრობების გავლა. | ის საშუალებას იძლევა განმეორებადი დნმ-ის თანმიმდევრობების გვერდის ავლით. ამიტომ არ არის სირთულე მათი პოვნა თანმიმდევრობის დროს. |
| პროცესებზე მოქმედი ფაქტორები | |
| პროცესის წარმატება დამოკიდებულია გენომის ზომაზე და მანძილზე, რომელიც უნდა გაიაროს ცნობილი გენომიური პოზიციიდან სასურველ გენამდე. | წარმატება არ არის დამოკიდებული მარკერიდან სამიზნემდე მანძილის გენომის ზომაზე. |
| არაკლონირებული დნმ-ის ეფექტი | |
| ქრომოსომული სიარული შეიძლება შეჩერდეს არაკლონირებული დნმ-ის ფრაგმენტებით. | ყველაზე დაბალი ნოტი, რომელიც პიკოლოს შეუძლია დაკვრა არის D4. |
| საჭიროა ცნობილი თანმიმდევრობა | |
| პროცესი იწყება ცნობილი გენით მიზანთან ახლოს. | პროცესი მოითხოვს ცნობილ ფრაგმენტს პრაიმერის დიზაინისთვის. |
შეჯამება - ქრომოსომის სიარული vs ხტომა
ქრომოსომული სიარული ხშირად გამოიყენება, როდესაც ცნობილია, რომ კონკრეტული გენი მდებარეობს ქრომოსომაში ადრე კლონირებულ გენის მახლობლად და შესაძლებელია მისი იდენტიფიცირება გენომიური ბიბლიოთეკიდან მიმდებარე გენომიური კლონების განმეორებითი იზოლაციით. თუმცა, როდესაც ქრომოსომული სიარულის ტექნიკის დროს აღმოჩენილია განმეორებადი დნმ-ის რეგიონები, პროცესის გაგრძელება შეუძლებელია. აქედან გამომდინარე, ტექნიკა იშლება ამ წერტილიდან. ქრომოსომული ნახტომი არის მოლეკულური ბიოლოგიური ინსტრუმენტი, რომელიც გადალახავს ამ შეზღუდვას გენომის რუკების შესასრულებლად. ის გვერდს უვლის დნმ-ის ამ განმეორებად უბნებს, რომელთა კლონირება რთულია და ეხმარება გენომის ფიზიკურ რუკებში. ეს არის მთავარი განსხვავება ქრომოსომულ სიარულსა და ხტუნვას შორის.
