ძირითადი განსხვავება - PCR პრაიმერები და თანმიმდევრობის პრაიმერები
მოლეკულური ბიოლოგიის სფეროში ბოლო დროს განვითარებულ მოვლენებთან ერთად შემუშავდა სხვადასხვა გენეტიკური ტექნიკა, რამაც საგნის სხვადასხვა გზების გამოკვლევის პროცესები მარტივი და ზუსტი გახადა. PCR და სხვა თანმიმდევრობის პროცედურები ორი ასეთი მნიშვნელოვანი ტექნიკაა. ისინი იყენებენ სხვადასხვა ქვეკომპონენტებს. პრაიმერები განიხილება, როგორც ძირითადი ქვეკომპონენტი, რომელიც საერთოა როგორც PCR, ასევე Sequencing ტექნიკისთვის. PCR პრაიმერები გამოიყენება კონკრეტული დნმ-ის მიმდევრობის გასაძლიერებლად, ხოლო თანმიმდევრობის პრაიმერები გამოიყენება დნმ-ის ფრაგმენტის თანმიმდევრობის დადგენის კონტექსტში, რათა გამოავლინოს მისი სპეციფიკური რიგი ნუკლეოტიდური თანმიმდევრობით.ეს არის მთავარი განსხვავება PCR პრაიმერებსა და თანმიმდევრობის პრაიმერებს შორის.
რა არის PCR პრაიმერები?
პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქცია (PCR) არის გენეტიკური ტექნიკა, რომელიც გამოიყენება მოლეკულური ბიოლოგიის სფეროში დნმ-ის კონკრეტული სეგმენტის ერთი ან რამდენიმე ასლის გასაძლიერებლად და მრავალი მილიონი იდენტური ასლის მისაღებად. PCR რეაქციაში, სხვადასხვა კომპონენტი გამოიყენება პრაიმერების ჩათვლით. პრაიმერები არის დნმ-ის მოკლე ჯაჭვები, რომელთა ნუკლეოტიდის სიგრძეა 18-25, რაც მათ თავსებადია გასაძლიერებელი დნმ-ის ფრაგმენტების საწყის და ბოლო რეგიონთან. პრაიმერი შეიძლება იყოს წინა და საპირისპირო პრაიმერი. ეს პრაიმერები აკავშირებს დნმ-ის ფრაგმენტს კონკრეტულ წერტილებში, სადაც დნმ პოლიმერაზას აკავშირებს კონკრეტულ პრაიმერთან ადგილზე და იწყებს დნმ-ის ახალი ჯაჭვის სინთეზს.
პრაიმერების შერჩევა არის PCR პროცესის მნიშვნელოვანი ასპექტი. მნიშვნელოვანია პრაიმერის სიგრძის შერჩევა. იდეალური სიგრძე იქნება 18-25 ნუკლეოტიდი.თუ სიგრძე ძალიან მოკლეა ან ძალიან გრძელი, პრაიმერები არ უკავშირდება დნმ-ის თანმიმდევრობას, რომ ზუსტად გაძლიერდეს. პრაიმერები, რომლებიც ძალიან მოკლეა, იწვევს დნმ-ის მიმდევრობის სხვადასხვა ადგილას არასპეციფიკურ პრაიმერის ანელებას.
სურათი 01: PCR პრაიმერები
გუანინისა და ციტოზინის (GC) შემცველობა კარგ პრაიმერში უნდა იყოს 40-60 დიაპაზონში. პრაიმერის დამუშავების ტემპერატურა და დნობის ტემპერატურა სასიცოცხლო ფაქტორებია PCR-ის დროს. დნობის ტემპერატურა ზუსტად უნდა გამოითვალოს, ხოლო პრაიმერის დამუშავების ტემპერატურა უნდა იყოს 5 0C დნობის ტემპერატურაზე ნაკლები. დნობის ტემპერატურა უნდა იყოს 60 °C და 75 °C. ძალიან მაღალი ან ძალიან დაბალი ტემპერატურა გამოიწვევს დნმ პოლიმერაზას ნაკლებ აქტიურ აქტივობას.
რა არის თანმიმდევრობის პრაიმერები?
თანმიმდევრობის განსაზღვრის პრაიმერები გამოიყენება დნმ-ის ფრაგმენტის თანმიმდევრობის დადგენის კონტექსტში მისი სპეციფიკური იდენტურობის გამოვლენის მიზნით. კარგი თანმიმდევრობის შედეგების მისაღებად მნიშვნელოვანია მაღალი ხარისხის პრაიმერები და შაბლონები. ამრიგად, პრაიმერების შერჩევისას, ისინი უნდა იყოს უნიკალური კონკრეტული რეგიონისთვის, სადაც ჩვენ გვინდა თანმიმდევრობა. ის ასევე უნდა იყოს სწორი ორიენტირებით, სადაც თანმიმდევრობები ჩვეულებრივ წარმოიქმნება პრაიმერების 3'-დან 5'-მდე ბოლოებიდან. თანმიმდევრობას უნდა აკლდეს არასასურველი თვითჰიბრიდიზაცია, როგორიცაა თმის სამაგრის მარყუჟების ფორმირება. ის არ უნდა შეიცავდეს გუანინის ფუძეების თანმიმდევრულ ფორმირებას.
პრაიმერის დნობის ტემპერატურა (Tm) უნდა შეესაბამებოდეს თანმიმდევრობის პირობებს. ამიტომ, ის უნდა იყოს 52oC და 74oC შორის. პრაიმერის სახით გამოსაყენებელი ოლიგონუკლეოტიდების მომზადება უნდა გაიწმინდოს სასურველი სრულ სიგრძის მიმდევრობის მისაღებად. თუ ოლიგონუკლეოტიდები შეიცავს მინარევებს, პრაიმერის თანმიმდევრობის სიგნალი გადანაწილდება სხვადასხვა პრაიმინგის ადგილებიდან და ასევე შეამცირებს ბაზის უჯრედების რაოდენობას.
სურათი 02: პრაიმერების თანმიმდევრობა
ოლიგონუკლეოტიდის პრაიმერის დნობის ტემპერატურა (Tm) განსაზღვრავს, თუ რამდენად ძლიერია დნმ-ის დამატებითი ჯაჭვები ერთმანეთთან ჰიბრიდირებული. Tm შეიძლება ჩაითვალოს როგორც თერმოდინამიკური გამოთვლა, სადაც ის დამოკიდებულია როგორც დნმ-ის თანმიმდევრობებზე, ასევე რამდენიმე პირობაზე, როგორიცაა მარილის კონცენტრაცია. Tm მნიშვნელოვანია PCR-ის დროს, სადაც ვარიანტი, რომელსაც ეწოდება ციკლის თანმიმდევრობა, გამოიყენება დიდეოქსინუკლეოტიდით დასრულებული ფრაგმენტების ჯგუფის შესაქმნელად. აქ, პრაიმერი, რომელიც დახარისხებულია, თავდაპირველად ალტერნატიულად ანეილირდება, შემდეგ გაგრძელდება და ბოლოს დენატურირებული იქნება ამპლიფიკაციისთვის. ამიტომ, Tm მნიშვნელობა უნდა იყოს 52oC-სა და 74o C-ს შორის. სინთეზირებული ოლიგონუკლეოტიდების მიღება შესაძლებელია დნმ/რნმ-ის სინთეზის ლაბორატორიებიდან. არჩევანი.სინთეზის მცირე მასშტაბი, რომელიც გამოიყენება დნმ-ის თანმიმდევრობისთვის, ჩვეულებრივ არის 50 ნმოლი. ასევე, რაც მთავარია, თანმიმდევრობისთვის გამოყენებული პრაიმერები უნდა გაიწმინდოს ისე, რომ არ იყოს მინარევებისაგან, რაც ხელს შეუშლის ხარისხის შემცირებას.
რა მსგავსებაა PCR პრაიმერებსა და თანმიმდევრობის პრაიმერებს შორის?
- ორივე PCR პრაიმერები და თანმიმდევრობის პრაიმერები არის პრაიმერები, რომლებიც გამოიყენება მიზნობრივი დნმ-ის თანმიმდევრობის ამპლიფიკაციის პროცესში.
- ორივე PCR პრაიმერი და თანმიმდევრობის პრაიმერი შედგება ნუკლეოტიდებისგან.
- ორივე PCR პრაიმერები და თანმიმდევრობის პრაიმერები მოკლე ოლიგომერებია.
რა განსხვავებაა PCR პრაიმერებსა და თანმიმდევრობის პრაიმერებს შორის?
PCR პრაიმერები vs თანმიმდევრობის პრაიმერები |
|
| PCR პრაიმერები არის დნმ-ის მოკლე ჯაჭვები, რომელთა ნუკლეოტიდური თანმიმდევრობაა 18-25, რაც მათ თავსებადია გასაძლიერებელი დნმ-ის ფრაგმენტების საწყის და ბოლო რეგიონთან. | მიმდევრობის პრაიმერები არის მოკლე ოლიგომერები, რომლებიც გამოიყენება დნმ-ის ფრაგმენტის თანმიმდევრობის დადგენის კონტექსტში მისი სპეციფიკური იდენტურობის გამოვლენის მიზნით. |
| ფუნქცია | |
| PCR პრაიმერები გამოიყენება დნმ-ის კონკრეტული თანმიმდევრობის გასაძლიერებლად. | თანმიმდევრობის განსაზღვრის პრაიმერები გამოიყენება დნმ-ის ფრაგმენტის თანმიმდევრობის დადგენის კონტექსტში მისი სპეციფიკური იდენტობის გამოვლენის მიზნით. |
| პრაიმერების საჭირო რაოდენობა | |
| ორი პრაიმერი; PCR პრაიმერი გამოიყენება ერთი წინ და ერთი საპირისპირო პრაიმერი. | საჭიროა მხოლოდ ერთი პრაიმერი, როგორც თანმიმდევრობის პრაიმერი. |
რეზიუმე – PCR პრაიმერები vs თანმიმდევრობის პრაიმერები
თანმიმდევრობის განსაზღვრის პრაიმერები გამოიყენება დნმ-ის ფრაგმენტის თანმიმდევრობის დადგენის კონტექსტში მისი სპეციფიკური იდენტურობის გამოვლენის მიზნით.ერთი თანმიმდევრობის პრაიმერი საკმარისი იქნება პროცესის გასატარებლად. კარგი თანმიმდევრობის შედეგების მისაღებად მნიშვნელოვანია მაღალი ხარისხის პრაიმერები და შაბლონები. ამრიგად, პრაიმერების შერჩევისას, ისინი უნდა იყოს უნიკალური კონკრეტული რეგიონისთვის, სადაც ჩვენ გვინდა თანმიმდევრობა. PCR პრაიმერები არის დნმ-ის მოკლე ჯაჭვები 18-25 ნუკლეოტიდის სიგრძით, რომელიც თავსებადია გასაძლიერებელი დნმ-ის ფრაგმენტების საწყის და ბოლო რეგიონთან. PCR პრაიმერები შეიძლება იყოს წინა და საპირისპირო პრაიმერი. გუანინისა და ციტოზინის (GC) შემცველობა კარგ პრაიმერში უნდა იყოს 40-60 დიაპაზონში. პრაიმერის დადუღების ტემპერატურა და დნობის ტემპერატურა სასიცოცხლო ასპექტებია PCR-ის დროს. ეს არის განსხვავება PCR პრაიმერებსა და Sequencing პრაიმერებს შორის.
