შემთხვევით პრაიმერებსა და ოლიგო dT-ს შორის მთავარი განსხვავება ისაა, რომ შემთხვევითი პრაიმერი არის ყველა შესაძლო ჰექსამერის ოლიგონუკლეოტიდური თანმიმდევრობის ნაზავი, ხოლო ოლიგო dT პრაიმერი შედგება 12-18 დეოქსითიმიდინის ერთჯაჭვიანი მონაკვეთისგან.
შებრუნებული ტრანსკრიფცია არის მექანიზმი, რომლის დროსაც cDNA შეიძლება სინთეზირებული იყოს mRNA ან რნმ-ის ნებისმიერი სახეობის გამოყენებით. cDNA-ს წარმოქმნის მიზნით, უნდა იყოს უზრუნველყოფილი საპირისპირო ტრანსკრიპტაზას ფერმენტი და სხვა აუცილებელი კომპონენტები, განსაკუთრებით შაბლონი და პრაიმერები. პრაიმერები არის დნმ-ის მოკლე თანმიმდევრობები, რომლებიც სპეციალურად შექმნილია სამიზნე თანმიმდევრობების გასაძლიერებლად. შემთხვევითი პრაიმერები და ოლიგო dT პრაიმერი არის ორი გავრცელებული ტიპის პრაიმერი, რომელიც გამოიყენება საპირისპირო ტრანსკრიფციაში.მაშასადამე, შემთხვევითი პრაიმერი ან ოლიგო dT პრაიმერი არის დნმ-ის მოკლე ოლიგონუკლეოტიდური თანმიმდევრობა, რომელიც საჭიროა საპირისპირო ტრანსკრიპტაზასთვის საპირისპირო ტრანსკრიპციის დასაწყებად. რნმ-ის შაბლონიდან გამომდინარე, შესაფერისი პრაიმერი შეიძლება შეირჩეს ამ ორი ტიპის პრაიმერისგან.
რა არის შემთხვევითი პრაიმერები?
შემთხვევითი პრაიმერი არის ოლიგონუკლეოტიდების ნარევი, რომელიც წარმოადგენს ყველა შესაძლო ჰექსამერის თანმიმდევრობას. შემთხვევითი პრაიმერის პრაიმერის თანმიმდევრობაა 5' - d (NNNNNN) -3' N=G, A, T ან C. ამიტომ, შემთხვევითი პრაიმერები შეიძლება გამოყენებულ იქნას ერთჯაჭვიანი დნმ-ის ან რნმ-ის გასაძლიერებლად დნმ პოლიმერაზას ან საპირისპირო ტრანსკრიპტაზას მიერ. შესაბამისად. გარდა ამისა, შემთხვევითი პრაიმერის ნარევს შეუძლია გააძლიეროს რნმ-ის ყველა რეგიონი cDNA-ს წარმოქმნით. ამრიგად, ის აწარმოებს სხვადასხვა სიგრძის cDNA-ს.
სურათი 01: შემთხვევითი პრაიმერები
რაც მთავარია, შემთხვევითი პრაიმერის ნარევი არ აჩვენებს შაბლონის სპეციფიკას. მას არ შეუძლია განასხვავოს mRNA და სხვა რნმ სახეობები. და ის ანელებს რნმ-ის ნებისმიერ სახეობას ნიმუშში. თუმცა, შემთხვევითი პრაიმერის ნარევი შესაფერისია რნმ-ების საპირისპირო ტრანსკრიფციისთვის პოლი(A) კუდების გარეშე, როგორიცაა rRNA, tRNA, არაკოდიციური რნმ, მცირე რნმ, პროკარიოტული mRNA და ა.შ., დეგრადირებული რნმ და რნმ ცნობილი მეორადი სტრუქტურებით.
რა არის ოლიგო dT?
ოლიგო dT პრაიმერი არის 12-18 დეოქსითიმინის (dT) მონაკვეთი. პრაიმერის თანმიმდევრობა შეიძლება წარმოდგენილი იყოს როგორც 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. იგი გამოიყენება cDNA-ს წარმოებისთვის mRNA-დან, რომელიც შეიცავს პოლი(A) კუდს. ძირითადად, ის მოქმედებს როგორც პრაიმერი რევერსიული ტრანსკრიპტაზის მიერ კატალიზებული რეაქციისთვის. საპირისპირო ტრანსკრიფციის დროს, ოლიგო dT პრაიმერი ანელებს პოლი-ადენილირებული კუდით, რომელიც გვხვდება ევკარიოტული mRNA-ების უმეტესობის 3' ბოლოზე და იწყებს პროცესს.
სურათი 02: საპირისპირო ტრანსკრიფცია Oligo dT პრაიმერის გამოყენებით
შემთხვევითი პრაიმერისაგან განსხვავებით, ოლიგო dT პრაიმერი არ არის შესაფერისი დეგრადირებული რნმ-სთვის ან რნმ-სთვის, რომლებსაც არ გააჩნიათ პოლი(A) კუდები, მათ შორის პროკარიოტული რნმ და მიკრორნმ.
რა მსგავსებაა შემთხვევით პრაიმერებსა და ოლიგო dT-ს შორის?
- შემთხვევითი პრაიმერი და ოლიგო dT პრაიმერი არის ორი ტიპის პრაიმერი, რომლებიც გამოიყენება საპირისპირო ტრანსკრიფციასა და cDNA-ს შესაქმნელად.
- შემთხვევითი პრაიმერის და ოლიგო dT პრაიმერის ერთად გამოყენება ზრდის cDNA სინთეზის მგრძნობელობას.
- ეს არის ერთჯაჭვიანი მოკლე ნუკლეოტიდური თანმიმდევრობები.
რა განსხვავებაა შემთხვევით პრაიმერებსა და ოლიგო dT-ს შორის?
შემთხვევითი პრაიმერი არის მოკლე ოლიგონუკლეოტიდური თანმიმდევრობა, რომელიც შედგება შემთხვევითი თანმიმდევრობისგან.იმავდროულად, oligo dT პრაიმერი არის მოკლე ჯაჭვი, რომელიც შედგება 12-დან 18 დეოქსითიმიდინისგან. ასე რომ, ეს არის მთავარი განსხვავება შემთხვევით პრაიმერებსა და ოლიგო dT-ს შორის. შემთხვევითი პრაიმერის თანმიმდევრობა არის 5' - d (NNNNNN) -3' N=G, A, T ან C. მაშინ როდესაც, oligo dT პრაიმერის თანმიმდევრობა არის 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3'. აქედან გამომდინარე, ჩვენ შეგვიძლია მივიჩნიოთ ეს, როგორც კიდევ ერთი განსხვავება შემთხვევით პრაიმერებსა და ოლიგო dT-ს შორის.
უფრო მეტიც, შემთხვევითი პრაიმერები არ აჩვენებენ შაბლონის სპეციფიკურობას და ისინი ანელებენ რნმ-ის ნებისმიერ სახეობას, ხოლო ოლიგო dT პრაიმერები აჩვენებენ სპეციფიკურობას ევკარიოტული mRNA-ს პოლი(A) კუდებისთვის.
ქვემოთ მოცემული ინფოგრაფიკა აჯამებს განსხვავებას შემთხვევით პრაიმერებსა და ოლიგო dT-ს შორის.
შეჯამება – შემთხვევითი პრაიმერები vs ოლიგო dT
შემთხვევითი პრაიმერი და ოლიგო dT პრაიმერი არის ორი ტიპის პრაიმერი, რომლებიც გამოიყენება cDNA სინთეზში.შემთხვევითი პრაიმერი შედგება ოლიგონუკლეოტიდების ნარევისგან, რომელიც წარმოადგენს ყველა შესაძლო ჰექსამერის თანმიმდევრობას, ხოლო oligo dT პრაიმერი არის 12-დან 18 დეოქსითიმიდინის ერთჯაჭვიანი თანმიმდევრობა. ასე რომ, ეს არის მთავარი განსხვავება შემთხვევით პრაიმერებსა და ოლიგო dT-ს შორის. გარდა ამისა, ოლიგო dT პრაიმერები სასარგებლოა რნმ-ის სრული სიგრძის საპირისპირო ტრანსკრიფციისთვის პოლი(A) კუდით, ხოლო შემთხვევითი პრაიმერები სასარგებლოა რნმ-ის სახეობების უმრავლესობის საპირისპირო ტრანსკრიფციისთვის, მათ შორის დეგრადირებული რნმ, რნმ, რომელსაც არ გააჩნია პოლი(A) კუდები და რნმ-ის შემცველი. მეორადი სტრუქტურები. ამიტომ, შემთხვევითი პრაიმერი არ აჩვენებს შაბლონის სპეციფიკას, ხოლო ოლიგო dT პრაიმერი აჩვენებს სპეციფიკურობას ევკარიოტული mRNA, რომელიც შეიცავს პოლი(A) კუდს.
