ძირითადი განსხვავება – ეგზომი რნმ-ის თანმიმდევრობის წინააღმდეგ
ნუკლეინის მჟავას თანმიმდევრობა არის ტექნიკა, რომელიც განსაზღვრავს ნუკლეოტიდების რიგითობას ორგანიზმის დნმ-ის ან რნმ-ის კონკრეტულ ფრაგმენტში. თანმიმდევრობა მნიშვნელოვანია უჯრედის დნმ-ისა და რნმ-ის შემადგენლობის იდენტიფიცირებისთვის და გარკვეული გენების განასხვავებისთვის, რომლებიც კოდირებენ ფუნქციურ ცილებს; ამრიგად, თანმიმდევრობა შეიძლება გამოყენებულ იქნას ამ გენების მუტაციებისა და გენების გამოხატულების გასაგებად. Sanger Sequencing მეთოდი ან უფრო მოწინავე შემდეგი თაობის თანმიმდევრობის მეთოდები არის თანმიმდევრობის მეთოდები, რომლებიც ჩვეულებრივ გამოიყენება. ეგზომის თანმიმდევრობა არის ორგანიზმში არსებული ეგზონების ან კოდირების დნმ რეგიონების სრული ნაკრების თანმიმდევრობა, ხოლო რნმ-ის თანმიმდევრობა არის რიბონუკლეინის მჟავების (რნმ) თანმიმდევრობის პროცედურა.ეს არის მთავარი განსხვავება ეგზომსა და რნმ-ის თანმიმდევრობას შორის.
რა არის Exome Sequencing?
Exome არის გენომის ქვეჯგუფი, რომელიც შედგება კონკრეტული ორგანიზმის კოდირების გენებისგან. კოდირების გენებს უწოდებენ ეგზონებს და ტრანსკრიბირებულია mRNA-ში და შემდეგ ითარგმნება ამინომჟავების თანმიმდევრობებში. პოსტტრანსკრიპციული მოდიფიკაციების დროს რნმ-ის შერწყმის მექანიზმი ევკარიოტებში აშორებს ინტრონებს (არაკოდირებულ რეგიონებს) და ეგზონები რჩება. არსებობს ორი ძირითადი ტექნიკა, რომლებშიც ხდება ეგზომების თანმიმდევრობა: გადაწყვეტილების საფუძველზე და მასივის საფუძველზე.
ხსნარზე დაფუძნებული ეგზომის თანმიმდევრობისას დნმ-ის ნიმუშები ფრაგმენტირებულია შემაკავებელი ფერმენტების ან მექანიკური მეთოდის გამოყენებით და დენატურირებული სითბოს მიერ. ამ ტექნიკაში, ბიოტინილირებული ოლიგონუკლეოტიდური ზონდები (სატყუარა) გამოიყენება გენომის სამიზნე რეგიონებთან შერჩევითი ჰიბრიდიზაციისთვის. მაგნიტური სტრეპტავიდინის მარცვლები გამოიყენება სავალდებულო ეტაპისთვის. შეკვრას მოჰყვება სარეცხი ეტაპი, სადაც ჩამოირეცხება შეუზღუდავი და არამიზნობრივი თანმიმდევრობები.შეკრული სამიზნეები შემდეგ ძლიერდება პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქციის (PCR) გამოყენებით და შემდეგ სეკვევენირება ხდება Sanger-ის ან შემდეგი თაობის თანმიმდევრობის ტექნიკის გამოყენებით.
სურათი 01: ეგზომის თანმიმდევრობა
მასივებზე დაფუძნებული მეთოდი ასევე ჰგავს ხსნარზე დაფუძნებულ მეთოდს, გარდა იმისა, რომ დნმ-ის ფრაგმენტები იკვრება მიკრო მასივში და შემდეგ მიჰყვება შეკვრა და რეცხვის ეტაპები თანმიმდევრობამდე.
Exome თანმიმდევრობა გამოიყენება მრავალ პროგრამაში, როგორიცაა დაავადებების გენეტიკური დიაგნოზი, გენური თერაპია, ახალი გენეტიკური მარკერების იდენტიფიცირება, სოფლის მეურნეობაში სხვადასხვა სასარგებლო აგრონომიული თვისებების იდენტიფიცირებისთვის და მცენარეთა მოშენების პროცედურებში.
რა არის რნმ-ის თანმიმდევრობა?
რნმ-ის თანმიმდევრობა ეფუძნება ტრანსკრიპტომას, რომელიც წარმოადგენს უჯრედის სრულ ტრანსკრიპტებს.რნმ-ის თანმიმდევრობის ძირითადი მიზნებია ტრანსკრიპტის ყველა სახეობის კატალოგირება, მათ შორის mRNA, არაკოდიციური რნმ და მცირე რნმ, გენების ტრანსკრიპციული სტრუქტურის დადგენა და თითოეული ტრანსკრიპტის ექსპრესიის დონის განსაზღვრა განვითარების დროს. რნმ-ის თანმიმდევრობის დროს, ჰიბრიდიზაციის ტექნოლოგიები (რომლებიც იყო კომპლემენტარული დნმ, მიღებული სექსუალური mRNA თანმიმდევრობებიდან) თავდაპირველად გამოიყენებოდა თანმიმდევრობის დასადგენად. ამჟამად, უფრო ზუსტი და მოწინავე გამტარუნარიანობის ტექნიკა გამოიყენება რნმ-ის თანმიმდევრობისთვის.
სურათი 02: რნმ-ის თანმიმდევრობა
რნმ-ის თანმიმდევრობისას, რნმ-ის ნიმუში, რომელიც შეიძლება იყოს მთლიანი რნმ ან ფრაქციული რნმ, გარდაიქმნება მის დამატებით დნმ-ში (cDNA) საპირისპირო ტრანსკრიფციის გამოყენებით და მზადდება cDNA ბიბლიოთეკა. თითოეული cDNA ფრაგმენტი მიმაგრებულია ადაპტერებზე ორივე მხარეს (წყვილი ბოლო თანმიმდევრობა) ან ერთ მხარეს (ერთი ბოლო თანმიმდევრობა).ეს ტეგირებული თანმიმდევრობები თანმიმდევრობით იწერება Sanger-ის ან შემდეგი თაობის გამოყენებით, როგორიცაა ეგზომის თანმიმდევრობა.
რა მსგავსებაა ეგზომსა და რნმ-ის თანმიმდევრობას შორის?
- მოკლე შერჩეული ფრაგმენტები ან დნმ/რნმ-ის მთელი ნაკრები შეიძლება გამოყენებულ იქნას ეგზომის ან რნმ-ის თანმიმდევრობისთვის.
- თანმიმდევრობითი ფრაგმენტები დაცულია ბიბლიოთეკებში.
- შეიძლება გამოყენებულ იქნას Sanger თანმიმდევრობა ან შემდეგი თაობის თანმიმდევრობა.
- ორივე ინ ვიტრო თანმიმდევრობის მეთოდია.
- მიმდევრობითი ფრაგმენტების დადგენა შესაძლებელია ფლუორესცენტური ტეგებით.
რა განსხვავებაა ეგზომსა და რნმ-ის თანმიმდევრობას შორის?
Exome vs RNA Sequencing |
|
| ექსომების თანმიმდევრობა არის ორგანიზმში არსებული ეგზონების ან კოდირების დნმ რეგიონების სრული ნაკრების თანმიმდევრობა. | რნმ-ის თანმიმდევრობა ეხება რიბონუკლეინის მჟავების (რნმ) თანმიმდევრობის პროცედურას; ტრანსკრიპტომი. |
| საწყისი ნიმუში | |
| გენომიური დნმ არის ეგზომის თანმიმდევრობის საწყისი ნიმუში. | RNA არის რნმ-ის თანმიმდევრობის საწყისი ნიმუში. |
| კომპოზიცია | |
| ეს შეიცავს მთლიანი დნმ-ის მხოლოდ კოდირებულ რეგიონებს, რომლებიც ცნობილია როგორც ეგზონები | ეს შეიცავს RNA-mRNA/ტრანსკრიპტომას. |
| მიმდევრობა | |
| არსებობს ეგზომების თანმიმდევრობის ორი ძირითადი მეთოდი; გადაწყვეტაზე დაფუძნებული და მასივებზე დაფუძნებული ტექნოლოგიები. | რნმ-ის თანმიმდევრობა კეთდება cDNA ბიბლიოთეკის მომზადების გზით მთლიანი რნმ-ის ან ფრაგმენტირებული რნმ-ის ექსტრაქტით. |
შეჯამება – ეგზომი რნმ-ის თანმიმდევრობის წინააღმდეგ
Exome არის ორგანიზმის კოდირების რეგიონების სრული ნაკრები და ტექნიკა, რომელიც ჩართულია ეგზომის ზუსტი ნუკლეოტიდური რიგის განსაზღვრაში, ცნობილია როგორც ეგზომის თანმიმდევრობა. რნმ-ის თანმიმდევრობა არის ტექნიკა, რომელიც მონაწილეობს ორგანიზმის რნმ-ის ნუკლეოტიდური რიგის განსაზღვრაში. ეს არის განსხვავება ეგზომის და რნმ-ის თანმიმდევრობას შორის.
ჩამოტვირთეთ Exome vs RNA თანმიმდევრობის PDF ვერსია
შეგიძლიათ ჩამოტვირთოთ ამ სტატიის PDF ვერსია და გამოიყენოთ იგი ოფლაინ მიზნებისთვის ციტირების შენიშვნის მიხედვით. გთხოვთ გადმოწეროთ PDF ვერსია აქ სხვაობა ეგზომსა და რნმ-ის თანმიმდევრობას შორის
