ძირითადი განსხვავება – SDS გვერდი მშობლიური გვერდის წინააღმდეგ
SDS და მშობლიური გვერდი არის პოლიაკრილამიდის გელის ელექტროფორეზის ორი ტიპი, რომლებიც გამოიყენება მოლეკულურ ბიოლოგიაში. მთავარი განსხვავება SDS გვერდსა და მშობლიურ გვერდს შორის არის გამოყენებული პოლიაკრილამიდის გელის ტიპი. SDS Page-ში გამოიყენება დენატურირებადი გელი, ამიტომ მოლეკულები გამოიყოფა მათი მოლეკულური წონის მიხედვით. ამის საპირისპიროდ, Native Page-ში გამოიყენება არადენატურული გელები. ამიტომ, მოლეკულები გამოყოფილია მათი ზომის, მუხტისა და ფორმის მიხედვით.
პოლიაკრილამიდის გელის ელექტროფორეზი (გვერდი) იყენებს გელს, რომელიც მზადდება აკრილამიდის მონომერების პოლიმერიზაციის შედეგად მეთილენ ბისაკრილამიდით.პოლიაკრილამიდი უფრო მკაცრი და სითბოს სტაბილურია ვიდრე აგაროზა. პოლიაკრილამიდის გელებს აქვთ უფრო მცირე ზომის ფორები, რაც უზრუნველყოფს ცილების ეფექტურ გამოყოფას. არსებობს გვერდის დაყენების ორი ძირითადი ტიპი, კერძოდ SDS გვერდი და მშობლიური გვერდი. SDS გვერდი ან ნატრიუმ-დოდეცილის სულფატი პოლიაკრილამიდის გელის ელექტროფორეზი გამოყოფს ცილებს მათი მოლეკულური წონის მიხედვით. დენატურირებადი გელები გამოიყენება SDS გვერდზე. Native Page იყენებს არადენატურირებელ გელებს და გამოყოფს ცილებს მათი ზომის, მუხტისა და ფორმის მიხედვით (3D კონფორმაცია).
რა არის SDS გვერდი?
SDS გვერდი არის ყველაზე გავრცელებული ელექტროფორეზული ტექნიკა, რომელიც გამოიყენება ცილების გამოყოფისთვის მათი მოლეკულური წონის მიხედვით. გელი მზადდება SDS (ნატრიუმის დოდეცილ სულფატი) დამატებით, რომელიც სარეცხი საშუალებაა. SDS პროტეინებს აქცევს მონომერებად. SDS არის ანიონური სარეცხი საშუალება. ამიტომ, ის ამატებს წმინდა უარყოფით მუხტს ცილებს pH-ის ფართო დიაპაზონში. როდესაც წმინდა უარყოფითი მუხტი გადაეცემა ცილის მოლეკულებს, მუხტის ცვალებადობის გამო, რთული სტრუქტურები იშლება.უარყოფითი მუხტის გამო ცილები იზიდავს დადებითი დასასრულისკენ. ამრიგად, დაბალი მოლეკულური წონის მქონე მოლეკულები უფრო სწრაფად მოძრაობენ გელის მატრიცაზე და მათი დაკვირვება შესაძლებელია ანოდთან ახლოს, ხოლო მაღალი მოლეკულური წონის ცილები უფრო ახლოს არის ჭაბურღილებთან.
სურათი 01: SDS გვერდი
სდს-ის შეკავშირება პოლიპეპტიდურ ჯაჭვთან პროპორციულია მისი ფარდობითი მოლეკულური მასის. მაშასადამე, მოლეკულური მასა ასევე შეიძლება განისაზღვროს SDS გვერდის საშუალებით. SDS Page გელების შეღებვა ხდება ბრომფენოლის ლურჯი შეღებვით. SDS გვერდის აპლიკაციები უფრო ფართოა, სადაც ის შეიძლება გამოყენებულ იქნას ფარდობითი მოლეკულური მასის შესაფასებლად და პროტეინის ნარევში ცილების ფარდობითი სიმრავლის დასადგენად. SDS Page ასევე შეიძლება გამოყენებულ იქნას ცილების განაწილების დასადგენად ცილების ნარევში. SDS გვერდი ასევე გამოიყენება ცილების გასაწმენდად და შესაფასებლად. იგი გამოიყენება, როგორც ვესტერნ ბლოტირებისა და ჰიბრიდიზაციის წინასწარი პროცედურა, რომელიც თავის მხრივ გამოიყენება ცილების რუკების და იდენტიფიკაციისთვის.
რა არის მშობლიური გვერდი?
მშობლიური პოლიაკრილამიდის გელის ელექტროფორეზი (Native Page) იყენებს არადენატურირებელ გელს. ამიტომ, SDS ან სხვა დენატურირებადი აგენტი არ ემატება გელის მატრიქსს. Native Page-ში ცილების გამოყოფა ეფუძნება ცილის მუხტსა და ზომას. ამიტომ, ცილის მობილურობა დამოკიდებულია ცილის მუხტზე და ზომაზე.
ცილის მუხტი დამოკიდებულია ამინომჟავების გვერდით ჯაჭვებზე. თუ გვერდითი ჯაჭვები უარყოფითად არის დამუხტული, ცილა მიიღებს მთლიან უარყოფით მუხტს და პირიქით. პროტეინები ინარჩუნებენ 3D კონფორმაციას დაკეცვის გამო. დაკეცვის შედეგია ცილებში არსებული რამდენიმე ტიპის ბმა, როგორიცაა დისულფიდური ბმები, ჰიდროფობიური ურთიერთქმედება და წყალბადის ბმები.ამიტომ, თუ მშობლიური გვერდი განხორციელდება ნეიტრალურ pH-ზე, ცილები გამოიყოფა ცილის მოლეკულური ფორმის მიხედვით. ამიტომ, Native Page შეიძლება გამოყენებულ იქნას როგორც მგრძნობიარე ტექნიკა ცილის მუხტის ან კონფორმაციის ცვლილების დასადგენად.
Native Page-ის მთავარი უპირატესობა ის არის, რომ გვერდის ანალიზისთვის გამოყენებული ცილა შეიძლება აღდგეს პირვანდელ მდგომარეობაში გვერდის ანალიზის შემდეგ, რადგან ცილა არ დარღვეულია პროცესის დროს. Native Page არის შედარებით მაღალი გამტარუნარიანობის ტექნიკა და ცილის სტაბილურობა გაიზარდა.
სურათი 02: მშობლიური გვერდი
გელის გაშვების დასრულების შემდეგ, Native Page გელის ნახვა შესაძლებელია ბრომფენოლის ლურჯით ან ნებისმიერი სხვა შესაფერისი შეღებვის რეაგენტით შეღებვით. Native Page-ის აპლიკაციები მოიცავს მჟავე ცილების განცალკევებას გლიკოპროტეინების ჩათვლით, როგორიცაა ადამიანის რეკომბინანტული ერითროპოეტინი, ან მსხვილფეხა რქოსანი შრატის ალბუმში (BSA) არსებული ცილების იდენტიფიკაციას.
რა მსგავსებაა SDS გვერდსა და მშობლიურ გვერდს შორის?
- SDS Page და Native Page სისტემა იყენებს პოლიაკრილამიდის გელს, როგორც გელის მატრიცას.
- ორივე გამოიყენება ცილების გამოყოფისა და იდენტიფიკაციისთვის.
- ორივე იყენებს ელექტროფორეზულ მობილობას ნაერთების გამოსაყოფად.
- ორივე შეიძლება გაკეთდეს ვერტიკალურად ან ჰორიზონტალურად (ძირითადად კეთდება როგორც ვერტიკალური გვერდის დაყენება, რადგან გაშვების სიგრძე მეტია).
- ელექტროფორეზის აპარატი გელის ავზის ჩათვლით, სავარცხლები, ელექტრომომარაგება საჭიროა ორივე ტექნიკის მუშაობისთვის.
- გელის ვიზუალიზაცია შესაძლებელია შეღებვის მეთოდით ორივე ტექნიკით.
რა განსხვავებაა SDS გვერდსა და მშობლიურ გვერდს შორის?
SDS გვერდი vs მშობლიური გვერდი |
|
| SDS გვერდი ან ნატრიუმ-დოდეცილის სულფატის გვერდი გამოყოფს ცილებს მათი მოლეკულური წონის მიხედვით და იყენებს დენატურ გელს. | Native Page იყენებს არადენატურირებელ გელებს და გამოყოფს ცილებს მათი ზომის, მუხტისა და ფორმის მიხედვით (3D კონფორმაცია). |
| ლარის ტიპი | |
| სდს-გვერდზე გამოიყენება დენატურაციის გელი. | არადენატაციური გელი გამოიყენება მთავარ გვერდზე. |
| სდს-ის ყოფნა | |
| SDS წარმოდგენილია როგორც სარეცხი საშუალება სინჯზე უარყოფითი მუხტის მოსატანად SDS გვერდზე. | SDS არ არის მშობლიურ გვერდზე. |
| გამოყოფის საფუძველი | |
| ცილების გამოყოფა დამოკიდებულია SDS გვერდზე ცილის მოლეკულურ წონაზე. | გამოყოფა დამოკიდებულია მშობლიურ გვერდზე ცილის მოლეკულის ზომასა და ფორმაზე. |
| ცილის სტაბილურობა | |
| ცილის სტაბილურობა დაბალია SDS გვერდზე. | პროტეინის სტაბილურობა მაღალია მშობლიურ გვერდზე. |
| ორიგინალური ცილის აღდგენა | |
| შეუძლებელია, რადგან ის დენატურირებულია SDS გვერდზე. | შესაძლებელია მშობლიურ გვერდზე. |
შეჯამება – SDS გვერდი მშობლიური გვერდის წინააღმდეგ
SDS გვერდი და მშობლიური გვერდი არის პოლიაკრილამიდის გელის ელექტროფორეზის ორი ტიპი, რომლებიც გამოიყენება ცილების განცალკევებისთვის. SDS გვერდი დამუშავებულია სარეცხი საშუალებით, სახელწოდებით SDS. SDS ანიჭებს მთლიან უარყოფით მუხტს ცილას, რაც შემდეგ იწვევს ცილის დენატურაციას.ამიტომ, ცილები გამოყოფილია მათი მოლეკულური წონის მიხედვით. ამის საპირისპიროდ, Native Page ტექნიკა არ იყენებს დენატურაციის საშუალებას. ამგვარად, ცილები გამოყოფილია მათი ზომის ან ფორმის მიხედვით. ეს არის განსხვავება SDS გვერდსა და მშობლიურ გვერდს შორის.
