მიმდევრობის გასწორებაში მსგავსებასა და იდენტურობას შორის მთავარი განსხვავება ისაა, რომ მსგავსება არის მსგავსება (მსგავსება) ორ მიმდევრობას შორის შედარებით, ხოლო იდენტურობა არის სიმბოლოების რაოდენობა, რომლებიც ზუსტად ემთხვევა ორ განსხვავებულ მიმდევრობას.
ბიოინფორმატიკა არის მეცნიერების ინტერდისციპლინარული დარგი, რომელიც ძირითადად მოიცავს მოლეკულურ ბიოლოგიასა და გენეტიკას, კომპიუტერულ მეცნიერებას, მათემატიკასა და სტატისტიკას. თანმიმდევრობის გასწორება არის მთავარი ტერმინი ბიოინფორმატიკაში. ეს არის პროცედურა, რომლის დროსაც დნმ-ის, რნმ-ის ან პროტეინის თანმიმდევრობები მოწყობილია მსგავსების რეგიონების იდენტიფიცირებისთვის, რაც თანმიმდევრობებს შორის ფუნქციური, სტრუქტურული ან ევოლუციური ურთიერთობის შედეგია.გასწორების ბოლოს ისინი წარმოდგენილი იქნება რიგების სახით მატრიცის შიგნით. თანმიმდევრულ სვეტებში იდენტური სიმბოლოების გასწორების მიზნით, ნარჩენებს შორის არის ჩასმული ხარვეზები.
რა არის მსგავსება?
მიმდევრობის გასწორებაში მსგავსება არის მსგავსება ორ მიმდევრობას შორის შედარებისას. ეს ფაქტი დამოკიდებულია თანმიმდევრობის იდენტურობაზე. მსგავსება ასახავს ნარჩენების გასწორებას. აქედან გამომდინარე, მსგავსი თანმიმდევრობები შეიცავს მსგავს თვისებებს. ბიოინფორმატიკაში მსგავსება არის ინსტრუმენტი ორ ცილას შორის მსგავსების შესაფასებლად.
სურათი 01: მსგავსება მიმდევრობის გასწორებაში
არსებობს ორი ძირითადი ნაბიჯი თანმიმდევრობით გასწორების პროცესისთვის. საწყისი ნაბიჯი არის წყვილის გასწორება, რომელიც გეხმარებათ იპოვოთ ოპტიმალური გასწორება ორ მიმდევრობას შორის (მათ შორის ხარვეზები) ისეთი ალგორითმების გამოყენებით, როგორიცაა BLAST, FastA და LALIGN.შესატყვისი ალგორითმი პოულობს რედაქტირების ოპერაციების მინიმალურ რაოდენობას; in-dels და ჩანაცვლება ერთი მიმდევრობის მეორე თანმიმდევრობის გასწორების მიზნით. წყვილში გასწორების შემდეგ აუცილებელია თითოეული წყვილის შედარებიდან ორი რაოდენობრივი პარამეტრის მიღება. ისინი იდენტურობა და მსგავსებაა.
რა არის იდენტობა?
იდენტიფიკაცია მიმდევრობის გასწორებაში არის სიმბოლოების რაოდენობა, რომლებიც ზუსტად ემთხვევა ორ განსხვავებულ მიმდევრობას. მაშასადამე, იდენტობის შეფასებისას ხარვეზები არ ითვლება. გაზომვა განიხილება ორ მიმდევრობას შორის უფრო მოკლე თანმიმდევრობის მიმართ. ეს მნიშვნელოვნად გულისხმობს, რომ მას აქვს ეფექტი იქ, სადაც მიმდევრობის იდენტურობა არ არის გარდამავალი. თუ X=Y და Y=Z, მაშინ X სულაც არ არის Z-ის ტოლი.
სურათი 02: იდენტურობა მიმდევრობის გასწორებაში
მაგალითად, X-ს აქვს AAGGCTT-ის მიმდევრობა, Y-ს აქვს AAGGC-ის და Z-ს აქვს AAGGCAT-ის თანმიმდევრობა. იდენტურობა X და Y შორის არის 100% {5 იდენტური ნუკლეოტიდი/წთ[სიგრძე(X), სიგრძე(Y)]}. იდენტურობა Y-სა და Z-ს შორის ასევე არის 100%. მაგრამ იდენტურობა X და Z-ს შორის არის მხოლოდ 85% {(6 იდენტური ნუკლეოტიდი / 7)}.
რა მსგავსებაა მსგავსებასა და იდენტობას შორის მიმდევრობის გასწორებაში?
- როგორც მსგავსება, ასევე იდენტურობა არის ორი ტერმინი, რომელსაც ვიყენებთ თანმიმდევრობის გასწორებაში.
- ასევე, ისინი აღნიშნავენ მსგავსებას ორ მიმდევრობას შორის.
- უფრო მეტიც, ჩვენ გამოვხატავთ მათ პროცენტულ მნიშვნელობად.
რა განსხვავებაა მსგავსებასა და იდენტობას შორის მიმდევრობის გასწორებაში?
მსგავსება სწორებაში მიუთითებს მსგავსებაზე ორ მიმდევრობას შორის შედარებისას, ხოლო იდენტურობა თანმიმდევრობის გასწორებაში მიუთითებს სიმბოლოების რაოდენობას, რომლებიც ზუსტად ემთხვევა ორ სხვადასხვა თანმიმდევრობას შორის.მაშასადამე, ეს არის მთავარი განსხვავება მსგავსებასა და იდენტობას შორის მიმდევრობის გასწორებაში.
რეზიუმე – მსგავსება vs იდენტობა მიმდევრობის გასწორებაში
მიმდევრობის გასწორება გვეხმარება დნმ-ის, რნმ-ის ან პროტეინის მსგავსების უბნების იდენტიფიცირებაში, რომელიც გამოწვეულია თანმიმდევრობებს შორის ფუნქციური, სტრუქტურული ან ევოლუციური ურთიერთობის გამო. აქედან გამომდინარე, მსგავსება და იდენტურობა არის ორი ძირითადი ტერმინი მიმდევრობის გასწორების კონტექსტში. ამ ორ ტერმინს შორის მთავარი განსხვავება ისაა, რომ მსგავსება არის მსგავსება ორ თანმიმდევრობას შორის შედარებით, ხოლო იდენტურობა არის სიმბოლოების რაოდენობა, რომლებიც ზუსტად ემთხვევა ორ განსხვავებულ თანმიმდევრობას. ამრიგად, ეს არის განსხვავების შეჯამება მსგავსებასა და იდენტურობას შორის თანმიმდევრობის გასწორებაში.
