საკვანძო განსხვავება იერარქიულ და მთლიან გენომის თოფის თანმიმდევრობას შორის არის ის, რომ იერარქიული თოფის თანმიმდევრობისას გენომი იყოფა უფრო დიდ ფრაგმენტებად თანმიმდევრობის დაწყებამდე, ხოლო მთელი გენომის თოფის თანმიმდევრობისას მთელი გენომი იყოფა მცირე ფრაგმენტებად თანმიმდევრობისთვის..
თანმიმდევრობა მნიშვნელოვანი ტექნიკაა მოლეკულურ პროცესებში, განსაკუთრებით სახეობების ზუსტი იდენტიფიკაციისას. სინამდვილეში, ეს არის გენში ან გენომში ნუკლეოტიდების ზუსტი რიგის იდენტიფიცირების ტექნიკა. თანმიმდევრობის მრავალი ტექნიკა არსებობს. ზოგიერთ მათგანს მიეკუთვნება Maxam Gilbert Method, Sanger Method და Sanger-ის ავტომატური მეთოდი.
რა არის იერარქიული თოფის თანმიმდევრობა?
იერარქიული თოფის თანმიმდევრობა არის თანმიმდევრობის ერთ-ერთი მეთოდი. მას ასევე უწოდებენ "ზემოდან ქვევით თანმიმდევრობას". გარდა ამისა, ეს მეთოდი შედგება ორი ეტაპისგან: პირველი ნაბიჯი არის გენომის გაძლიერება, ხოლო მეორე ნაბიჯი არის გენომის ფრაგმენტაცია. ამ მეთოდით, გენომი ჯერ იშლება დიდ ფრაგმენტებად. მას მოჰყვება ამ დიდი ფრაგმენტების კლონირება სხვადასხვა მასპინძლებში ვექტორების ან ხელოვნური ქრომოსომების გამოყენებით. შემდეგ, ეს რეკომბინანტული ვექტორები მოწყობილია ბიბლიოთეკაში. თოფის თანმიმდევრობის დროს რეკომბინანტული ვექტორული კლონები ინდივიდუალურად გადიან თანმიმდევრობას. კლონების ფრაგმენტები განიცდიან შეზღუდვის მონელებას, რათა შემდგომ შემცირდეს გენომის ზომა, რითაც გადიან თანმიმდევრობას.
სურათი 01: იერარქიული თოფის თანმიმდევრობა
თოფის იერარქიული თანმიმდევრობის დროს, ფრაგმენტების დიდი ნაწილაკები უნდა განლაგდეს თანმიმდევრობით, თოფის თანმიმდევრობამდე. ეს ხდება მოლეკულური მარკერების დახმარებით, რომლებიც ჩართულია კლონირების პროცესში.
იერარქიული თოფის თანმიმდევრობა ქმნის დაბალი გარჩევადობის გენის რუკას. მაგრამ ის ქმნის მოწესრიგებულ თანმიმდევრობის რუკას. ამრიგად, მას უფრო მეტი დრო სჭირდება, ვიდრე პირდაპირი თანმიმდევრობა. მთელი პროცესი ჭიანურდება რეკომბინანტული ვექტორული ბიბლიოთეკის შექმნის გამო. ეს ასევე შრომის ინტენსიური ტექნიკაა. თუმცა, ამჟამად ტექნიკა ავტომატიზირებულია სამუშაოს გასაადვილებლად.
რა არის მთელი გენომის თოფის თანმიმდევრობა?
მთლიანი გენომის თოფის თანმიმდევრობა არის ერთსაფეხურიანი თანმიმდევრობის პროცესი. ამ პროცესში პირველ რიგში ხდება მთელი გენომის ცვლა. ამის შემდეგ, თითოეული ეს პატარა ფრაგმენტი შემთხვევით გადის თანმიმდევრობას. თანმიმდევრობის დასრულების შემდეგ ხდება თანმიმდევრობის ანალიზი.თანმიმდევრობის ანალიზის დროს, გადახურული თანმიმდევრობები ამოღებულია და ანალიზი არ არის შეკვეთილი პროცესი. მაშასადამე, მიმდევრობების აწყობა ნაკლებად ეფექტური პროცესია იერარქიულ თოფის თანმიმდევრობასთან შედარებით. თუმცა, მთელი გენომის თოფის თანმიმდევრობის პროცესი უფრო სწრაფია და მთელი გენომის ანალიზი შეიძლება ჩატარდეს ერთ შემთხვევაში.
რა მსგავსებაა იერარქიულ და მთლიან გენომის თოფის თანმიმდევრობა?
- იერარქიული და მთლიანი გენომის თოფის თანმიმდევრობა არის ორი თანმიმდევრობის მიდგომა.
- ორივე გადის Sanger-ის თანმიმდევრობის ან Sanger-ის ავტომატური თანმიმდევრობის მეთოდებს.
- ისინი მონაწილეობენ დნმ-ისა და რნმ-ის ფრაგმენტების თანმიმდევრობის განსაზღვრაში.
- უფრო მეტიც, ორივე მეთოდი მნიშვნელოვანია მოლეკულური დიაგნოსტიკისა და კვლევის მიზნებისთვის.
- ამჟამად, ორივე ტექნიკა ავტომატიზირებულია ან კომპიუტერზე დაფუძნებული.
- ორივე ტექნიკა ეყრდნობა გენომის ფრაგმენტაციას.
რა განსხვავებაა იერარქიულ და მთლიან გენომის თოფის თანმიმდევრობას შორის?
იერარქიული თოფის თანმიმდევრობა წარმოქმნის უფრო დიდი ზომის ფრაგმენტებს მთლიანი გენომის თოფის თანმიმდევრობასთან შედარებით, რომელიც მუშაობს მიმდევრობის მცირე ფრაგმენტებთან. ასე რომ, ეს არის მთავარი განსხვავება იერარქიულ და მთლიან გენომის თოფის თანმიმდევრობას შორის. გარდა ამისა, თოფების იერარქიული თანმიმდევრობა შედგება ორი ძირითადი საფეხურისაგან, ხოლო მთლიანი გენომის თოფის თანმიმდევრობა ეყრდნობა ერთ ძირითად საფეხურს.
უფრო მეტიც, კიდევ ერთი განსხვავება იერარქიულ და მთლიან გენომის თოფის თანმიმდევრობას შორის არის ის, რომ გარჩევადობა უფრო მაღალია მთლიანი გენომის თოფის თანმიმდევრობით, ვიდრე იერარქიული თოფის თანმიმდევრობა.
ქვემოთ მოცემული ინფოგრაფიკა აჯამებს განსხვავებას იერარქიულ და მთლიან გენომის თოფის თანმიმდევრობას შორის.
შეჯამება – იერარქიული და მთელი გენომის თოფის თანმიმდევრობა
იერარქიული და მთლიანი გენომის თოფის თანმიმდევრობა არის დიდი გენომის თანმიმდევრობის ორი ტექნიკა. იერარქიული თოფის თანმიმდევრობა არის თანმიმდევრობის ორეტაპიანი პროცესი, სადაც გენომი იყოფა დიდ ფრაგმენტებად. ამის საპირისპიროდ, მთელი გენომის თოფის თანმიმდევრობა არის ერთსაფეხურიანი თანმიმდევრობა, სადაც გენომი იყოფა მცირე ფრაგმენტებად და პირდაპირ თანმიმდევრობით. ამრიგად, ეს არის მთავარი განსხვავება იერარქიულ და მთლიან გენომის თოფის თანმიმდევრობას შორის. უფრო მეტიც, ტექნიკური ასპექტები შეიძლება განსხვავდებოდეს ორ ტექნიკას შორის.
