QTL-სა და GWAS-ს შორის ძირითადი განსხვავება დამოკიდებულია ანალიზში გამოყენებული თანმიმდევრობების ტიპზე. QTL იყენებს კავშირის გენის ლოკებს პოლიგენურ მემკვიდრეობასთან დაკავშირებული ფენოტიპური ნიშან-თვისებების გასაანალიზებლად, ხოლო GWAS იყენებს მთლიან გენომის თანმიმდევრობებს კონკრეტული მდგომარეობის ერთი ნუკლეოტიდური პოლიმორფიზმის გასაანალიზებლად.
QTL რუკები და GWAS მნიშვნელოვან როლს თამაშობს სხვადასხვა ნიშან-თვისებების გენეტიკურ ანალიზში. გარდა ამისა, ისინი მნიშვნელოვანია უცნობი ეტიოლოგიის სხვადასხვა დაავადების მდგომარეობის ანალიზში. გარდა ამისა, თანმიმდევრობა თამაშობს მთავარ როლს ორივე ტექნიკაში. ეს ტექნიკები შეიძლება დამატებით იყოს შერწყმული სხვა მაღალი გამტარუნარიანობის ტექნიკასთან გაზრდილი სიზუსტისა და სიზუსტისთვის.
რა არის QTL?
QTL ნიშნავს რაოდენობრივ ნიშან-თვისებას. ეს არის დნმ-ის რეგიონი, რომელიც დაკავშირებულია ფენოტიპურ მახასიათებელთან. ზოგადად, QTL იწვევს პოლიგენურ ეფექტებს. QTL-ების განაწილება იცვლება და QTL-ების რაოდენობა მიუთითებს კონკრეტული ფენოტიპური მახასიათებლის ვარიაციის ხარისხზე. გარდა ამისა, ისინი, როგორც წესი, კოდირებენ ფუძემდებლურ უწყვეტ მახასიათებლებს და არა დისკრეტულ მახასიათებლებს.
QTL რეგიონების იდენტიფიცირებისას მნიშვნელოვანია კონკრეტული QTL არეალის თანმიმდევრობა. უფრო მეტიც, გამოკვლევებისა და კვლევის გასაადვილებლად, საერთო QTL რეგიონების თანმიმდევრობის მონაცემების თანმიმდევრობა და შენახვა ხდება ბიოინფორმატიკის მონაწილეობით. ჩვენ ამ ტექნიკას ვუწოდებთ QTL რუკებს. შემდგომში, მონაცემთა ბაზა იქმნება QTL რეგიონის თანმიმდევრობით.
სურათი 01: QTL სკანირება
უფრო მეტიც, QTL თანმიმდევრობების გამოყენება ძირითადად ეყრდნობა BLAST ხელსაწყოს, სადაც შეიძლება განისაზღვროს თანმიმდევრობის მსგავსება. ეს მნიშვნელოვანია ორგანიზმებს შორის ურთიერთობების დასადგენად. გარდა ამისა, მნიშვნელოვანია კონკრეტული პოლიგენური ფენოტიპის სირთულის განსაზღვრისას. ის ასევე განსაზღვრავს კონკრეტული თვისების ევოლუციას.
ამჟამად, QTL ანალიზი კომბინირებულია სხვა მაღალი გამტარუნარიანობის ტექნიკასთან, როგორიცაა დნმ-ის მიკრომასივები. ეს მნიშვნელოვანია ფენოტიპის გამოხატვის ანალიზში. ამჟამად, მეცნიერები დაინტერესებულნი არიან QTL მონაცემთა ბაზის შემუშავებით, ვინაიდან QTL რეგიონები პასუხისმგებელნი არიან სხვადასხვა სახეობის ბევრ მნიშვნელოვან მახასიათებელზე.
რა არის GWAS?
GWAS ნიშნავს გენომის ფართო ასოციაციის შესწავლას. ის ასევე ეხება გენომის ასოციაციის მთელ კვლევებს. ეს კვლევები ძირითადად ფოკუსირებულია დაკვირვებაზე. იგი აანალიზებს სხვადასხვა ინდივიდის გენეტიკურ ვარიანტებს, რომლებიც ჩვეულებრივ ასოცირდება კონკრეტულ მახასიათებელთან. უფრო მეტიც, მთელი გენომი მნიშვნელოვანია GWAS ანალიზისთვის.
სურათი 02: GWAS
GWAS არის მნიშვნელოვანი ინსტრუმენტი ერთი ნუკლეოტიდური პოლიმორფიზმის ანალიზში, რომლებიც დაკავშირებულია სხვადასხვა დაავადების პირობებთან. ეს არის ასევე შედარებითი კვლევა სხვადასხვა ერთი ნუკლეოტიდური პოლიმორფიზმის შესახებ ფართო პოპულაციაში. გარდა ამისა, GWAS-ის კვლევის ნიმუში ძალიან მაღალია; შესაბამისად, ის ასევე იღებს ჯვარედინი კოჰორტის კვლევის ფორმატს.
უფრო მეტიც, პირველი GWAS კვლევა ჩატარდა მიოკარდიუმის ინფარქტის შესახებ და აანალიზებდა მიოკარდიუმის ინფარქტთან ასოცირებულ გენებს. ამჟამად GWAS მნიშვნელოვან როლს ასრულებს უცნობი ეტიოლოგიის რთული დაავადებების გენეტიკური ფონის განსაზღვრაში.
რა მსგავსებაა QTL-სა და GWAS-ს შორის?
- ანალიზისთვის ისინი ეყრდნობიან დნმ-ის თანმიმდევრობის მონაცემებს.
- ორივე ასოცირდება სხვადასხვა პერსონაჟის გენეტიკურ ფონთან.
- გარდა ამისა, მათ ესაჭიროებათ ბიოინფორმატიკის ინსტრუმენტები შედეგების დასკვნით და ინტერპრეტაციისთვის.
- ისინი კეთდება დიდ პოპულაციებზე.
რა განსხვავებაა QTL-სა და GWAS-ს შორის?
QTL აანალიზებს ფენოტიპურ მახასიათებლებს, რომლებიც დაკავშირებულია პოლიგენურ მემკვიდრეობასთან დაკავშირებული გენის ლოკების გამოყენებით, ხოლო GWAS აანალიზებს კონკრეტული მდგომარეობის ერთ ნუკლეოტიდურ პოლიმორფიზმებს მთელი გენომის თანმიმდევრობების გამოყენებით. ამრიგად, ეს არის მთავარი განსხვავება QTL-სა და GWAS-ს შორის. QTL რუქა შედარებით ნაკლებად რთული ტექნიკაა, ვიდრე GWAS, რადგან ის მოითხოვს მთელი გენომის თანმიმდევრობას.
ქვემოთ მოცემული ინფოგრაფიკა აჯამებს განსხვავებას QTL-სა და GWAS-ს შორის ცხრილის სახით.
რეზიუმე – QTL vs GWAS
QTL რუკა და GWAS დიდ როლს თამაშობს სხვადასხვა ფენოტიპური ნიშან-თვისებების გენეტიკური ფონის განსაზღვრაში. ისინი ასევე ხელს უწყობენ სხვადასხვა დაავადების გენეტიკური ფონის ანალიზს. QTL რუკა ასახავს კავშირის გენებს, რომლებიც პასუხისმგებელნი არიან უწყვეტ მახასიათებლებზე და ასევე მოიცავს პოლიგენური მემკვიდრეობითი გენების რუქას. მეორეს მხრივ, GWAS ხდება მთელი გენომის ანალიზით ერთი ნუკლეოტიდური პოლიმორფიზმებისთვის. გარდა ამისა, ეს ხდება უფრო დიდ მოსახლეობაში. ამრიგად, ეს არის QTL-სა და GWAS-ს შორის განსხვავების შეჯამება.
