ძირითადი განსხვავება – AFLP vs RFLP
დნმ-ის კვლევებს უდიდესი მნიშვნელობა აქვს ფილოგენეტიკური ურთიერთობების გაგებაში და განსაზღვრაში, გენეტიკური დაავადებების დიაგნოსტირებასა და ორგანიზმის გენომის რუქების შესამოწმებლად. დნმ-ის ანალიზთან დაკავშირებული რამდენიმე ტექნიკა ასევე გამოიყენება კონკრეტული გენის ან დნმ-ის თანმიმდევრობის იდენტიფიკაციისთვის უცნობი დნმ-ის აუზში. ისინი ცნობილია როგორც მოლეკულური მარკერები. გაძლიერებული ფრაგმენტის სიგრძის პოლიმორფიზმი (AFLP) და შეზღუდვის ფრაგმენტის სიგრძის პოლიმორფიზმი (RFLP) არის ორი ასეთი მოლეკულური მარკერი (მეთოდი), რომელიც შემუშავებულია მოლეკულურ ბიოლოგიაში, რათა აღმოაჩინოს გენეტიკური ცვალებადობა ორგანიზმებს შორის. ორივე მეთოდი თანაბრად მნიშვნელოვანია და აქვს დადებითი და უარყოფითი მხარეები. AFLP-სა და RFLP-ს შორის მთავარი განსხვავებაა ის, რომ AFLP მოიცავს მონელებული დნმ-ის სელექტიურ PCR გაძლიერებას, ხოლო RFLP არ გულისხმობს დნმ-ის ფრაგმენტების შერჩევით PCR გაძლიერებას.
რა არის AFLP?
AFLP (გაძლიერებული ფრაგმენტის სიგრძის პოლიმორფიზმი) მნიშვნელოვანი ინსტრუმენტია მოლეკულურ ბიოლოგიაში და ფართოდ გამოიყენება გენეტიკური ვარიაციების ანალიზში. AFLP ეფუძნება ფრაგმენტული გენომის დნმ-ის სპეციფიკურ PCR გაძლიერებას და პოლიმორფიზმის გამოვლენას ავტორადიოგრაფიით გელის ელექტროფორეზის საშუალებით. AFLP ფართოდ უწყობს ხელს გენეტიკური განსხვავებების იდენტიფიცირებას სხვადასხვა სამეფოს შტამებში ან მჭიდროდ დაკავშირებულ სახეობებში, მათ შორის მცენარეები, ცხოველები, ბაქტერიები და სოკოები. AFLP შეიძლება განხორციელდეს მცირე რაოდენობით უცნობი დნმ-ის ნიმუშებით. ის არ საჭიროებს წინასწარი თანმიმდევრობის ცოდნას და ზონდების დიზაინს.
AFLP-ის ნაბიჯები
- დნმ-ის იზოლაცია
- დნმ-ის მონელება რესტრიქციული ენდონუკლეაზებით
- შეზღუდული დნმ-ის ფრაგმენტების ლიგირება ადაპტორებით
- ფრაგმენტების სელექციური გაძლიერება კონკრეტული შეზღუდვის ადგილებით
- PCR პროდუქტების გამოყოფა გელის ელექტროფორეზით
- გელის მატრიცის ვიზუალიზაცია ავტორადიოგრაფიით
AFLP არის უფრო მგრძნობიარე და რეპროდუცირებადი მეთოდი, რომელიც შეიძლება გამოყენებულ იქნას რამდენიმე ტაქსონის დნმ-ის პროფილირებისთვის, სოკოების, ბაქტერიების, მცენარეების და ცხოველების ჩათვლით, დნმ-ის თანმიმდევრობის წინასწარი ცოდნის გარეშე. იგი ეხმარება იდენტიფიცირება მცირე განსხვავებები ინდივიდებს შორის პოპულაციების გამო მისი ძალიან მგრძნობიარე ბუნება. AFLP ასევე მნიშვნელოვანია გენომის რუკების, სასამართლო კვლევების, მშობლების ტესტირების, გენოტიპირების და ა.შ.
სურათი 01: AFLP
რა არის RFLP?
შეზღუდვის ფრაგმენტის სიგრძის პოლიმორფიზმი (RFLPs) არის ტექნიკა, რომელიც გამოიყენება ჰომოლოგიური დნმ-ის თანმიმდევრობის გენეტიკური ვარიაციების გამოსავლენად.ეს არის პირველი მეთოდი, რომელიც შემუშავებულია დნმ-ის პროფილირებისთვის. ორგანიზმებს აქვთ უნიკალური დნმ თითის ანაბეჭდები ან დნმ პროფილები. RFLP ემსახურება როგორც მნიშვნელოვან ინსტრუმენტს ინტრასპეციფიკური ან მჭიდროდ დაკავშირებული ორგანიზმების დნმ-ის პროფილებს შორის ვარიაციის გასაანალიზებლად, ვინაიდან ჰომოლოგიურ თანმიმდევრობებს აქვთ სხვადასხვა შეზღუდვის ადგილები (ადგილები), რომლებიც უნიკალურია კონკრეტული ორგანიზმისთვის. როდესაც ჰომოლოგიური დნმ შეიწოვება სპეციფიკური შეზღუდვის ენდონუკლეაზებით, ეს გამოიწვევს დნმ-ის სხვადასხვა პროფილებს, რომლებიც უნიკალურია თითოეული ინდივიდისთვის. აქედან გამომდინარე, ამ მეთოდის პრინციპია ორგანიზმებს შორის გენეტიკური ცვალებადობის გამოვლენა ჰომოლოგიური დნმ-ის შეზღუდვით სპეციფიური შეზღუდვის ფერმენტებით და ფრაგმენტის სიგრძის პოლიმორფიზმის ანალიზი გელის ელექტროფორეზისა და ბლოტის საშუალებით. ლაქების ნიმუშები უნიკალურია თითოეული ორგანიზმისთვის და ახასიათებს სპეციფიკურ გენოტიპებს.
RFLP-ის ნაბიჯები
- საკმარისი რაოდენობის დნმ-ის იზოლაცია ნიმუშებიდან
- დნმ-ის ნიმუშების ფრაგმენტაცია სპეციფიკური შეზღუდვის ენდონუკლეაზებით მოკლე თანმიმდევრობით
- მიღებული სხვადასხვა სიგრძის ფრაგმენტების გამოყოფა აგაროზის გელის ელექტროფორეზით.
- გელის პროფილის გადატანა მემბრანაში სამხრეთის ბლოტით
- მემბრანის ჰიბრიდიზაცია ეტიკეტირებული ზონდებით და ფრაგმენტის სიგრძის პოლიმორფიზმის ანალიზი თითოეულ პროფილში
RFLP არის ძალიან მნიშვნელოვანი ტექნიკა დაავადების მემკვიდრეობის გამოვლენისა და ოჯახის წევრებში დაავადების გაჩენის რისკის დასადგენად. RFLP ასევე ხშირად გამოიყენება გენომის რუკებში, დამნაშავეთა იდენტიფიცირებაში სასამართლო ექსპერტიზაში, მამობის ტესტირებაში და ა.შ. RFLP-ს ასევე აქვს რამდენიმე შეზღუდვა. RFLP მოითხოვს მიმდევრობის მონაცემების წინასწარ ცოდნას ჰიბრიდიზაციისთვის ზონდების შესაქმნელად. ის ასევე მოითხოვს ანალიზისთვის ნიმუშიდან დნმ-ის საკმარისი რაოდენობის გამოყოფას, რაც რთულია სასამართლო კვლევებში.
სურათი 01: RRFLP რუკა
რა განსხვავებაა AFLP-სა და RFLP-ს შორის?
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP მოიცავს მონელებული დნმ-ის შერჩევით PCR გაძლიერებას. | RFLP არ მოიცავს PCR-ს, თუ ეს არ არის PCR-RFLP. |
| მიმდევრობის ცოდნა | |
| წინა მიმდევრობის ცოდნა არ არის საჭირო. | წინა მიმდევრობის ცოდნა საჭიროა RFLP ზონდების დასაპროექტებლად. |
| საიმედოობა | |
| ეს უფრო საიმედოა. | ეს ნაკლებად სანდოა AFLP-თან შედარებით. |
| ეფექტურობა პოლიმორფიზმის გამოვლენაში | |
| ამას აქვს უფრო მაღალი ეფექტურობა პოლიმორფიზმის გამოვლენაში, ვიდრე RFLP. | ეს ნაკლებად ეფექტურია AFLP-თან შედარებით. |
| ღირებულება | |
| ეს ცოტა ძვირია RFLP-თან შედარებით. | ეს უფრო იაფია AFLP-თან შედარებით. |
| აპლიკაციები | |
| AFLP გამოიყენება გენომის რუკების, დნმ-ის თითის ანაბეჭდის, გენეტიკური მრავალფეროვნების კვლევებში, მამობის ტესტირებასა და სასამართლო ექსპერტიზაში | RFLP ანალიზი მნიშვნელოვანი ინსტრუმენტია გენომის რუკების, გენების ლოკალიზაციის გენეტიკური დარღვევების, დაავადების რისკის განსაზღვრისა და მამობის ტესტირებისთვის. |
რეზიუმე – AFLP vs RFLP
AFLP და RFLP არის ორი ტექნიკა, რომელიც გამოიყენება როგორც გენეტიკური მარკერები მრავალფეროვნების შესაფასებლად და გენეტიკური ურთიერთობების შესაფასებლად მოლეკულურ ბიოლოგიაში. AFLP ემსახურება როგორც ეფექტური და მგრძნობიარე მეთოდი ორგანიზმებს შორის გენეტიკური პოლიმორფიზმის გამოსავლენად, ვიდრე RFLP. თუმცა, მიუხედავად იმისა, რომ ორივე ამ მეთოდს აქვს განსხვავებული ეფექტურობა გენეტიკური ვარიაციების გამოვლენაში, ისინი მაინც გამოიყენება დნმ-ის თითის ანაბეჭდისა და დაავადების დიაგნოსტიკისთვის.
