ძირითადი განსხვავება – RAPD vs RFLP
გენეტიკური მარკერები გამოიყენება მოლეკულურ ბიოლოგიაში ინდივიდებსა და სახეობებს შორის გენეტიკური ვარიაციების დასადგენად. შემთხვევითი გაძლიერებული პოლიმორფული დნმ (RAPD) და შეზღუდვის ფრაგმენტის სიგრძის პოლიმორფიზმი (RFLP) არის ორი მნიშვნელოვანი მოლეკულური მარკერი, რომლებიც ჩვეულებრივ გამოიყენება ლაბორატორიებში. RAPD ხორციელდება მოკლე და თვითნებური ოლიგონუკლეოტიდური პრაიმერებით და ის დაფუძნებულია ორგანიზმის შაბლონის დნმ-ის მასშტაბით მრავალი მდებარეობის შემთხვევით გაძლიერებაზე. RFLP ხორციელდება სპეციფიური შეზღუდვის ენდონუკლეაზათ და ის ემყარება მიღებული შეზღუდვის ფრაგმენტების პოლიმორფიზმს და ჰიბრიდიზაციას.მთავარი განსხვავება RAPL-სა და RFLP-ს შორის არის ის, რომ RAPD არის PCR ტექნიკის ტიპი, რომელიც შესრულებულია წინასწარი თანმიმდევრობის ცოდნის გარეშე, მაშინ როდესაც RFLP არ არის ჩართული PCR-ში და მოითხოვს წინასწარი თანმიმდევრობის ცოდნას ტექნიკის განსახორციელებლად.
რა არის RAPD?
RAPD არის სასარგებლო მოლეკულური მარკერი მოლეკულურ ბიოლოგიაში. ეს არის სწრაფი და მარტივი ტექნიკა. RAPD შეიძლება განისაზღვროს, როგორც მეთოდი, რომელიც იწვევს დნმ-ის პოლიმორფულ თანმიმდევრობებს სამიზნე დნმ-ის შაბლონის მრავალი მდებარეობის შემთხვევითი გაძლიერების შედეგად. RAPD იყენებს მოკლე ოლიგონუკლეოტიდურ პრაიმერებს თვითნებური თანმიმდევრობით PCR გაძლიერებისთვის. პრაიმერები ხელოვნურად სინთეზირებულია წინასწარი თანმიმდევრობის ცოდნის გარეშე. აქედან გამომდინარე, იგი განიხილება როგორც მარტივი და სასარგებლო ტექნიკა.
შემდეგი ძირითადი ნაბიჯები ჩართულია RAPD-ში.
- სამიზნე დნმ-ის ექსტრაქცია
- სამიზნე დნმ-ის მრავალი მდებარეობის გაძლიერება შემთხვევით შერჩეული პრაიმერების გამოყენებით
- გაძლიერებული PCR პროდუქტების გელის ელექტროფორეზი
- შეღებვა ეთიდიუმის ბრომიდით და პოლიმორფიზმის იდენტიფიცირება
პრაიმერის ანეილირების ცვალებადობის შედეგად გაძლიერებისას წარმოიქმნება სხვადასხვა სიგრძის სხვადასხვა ფრაგმენტები. მაშასადამე, გელებზე დამაგრების ნიმუშები განსხვავებულია ინდივიდებსა და სახეობებში. ამრიგად, RAPD იძლევა გენეტიკური ცვალებადობის გამოვლენას ორგანიზმებს შორის იდენტიფიკაციასა და დიფერენციაციაში.
RAPD გამოიყენება მოლეკულური ბიოლოგიის სხვადასხვა კვლევებში, როგორიცაა მჭიდროდ დაკავშირებულ სახეობებს შორის გენეტიკური განსხვავების იდენტიფიცირება, გენის რუკა, დნმ-ის თითის ანაბეჭდი, მემკვიდრეობითი დაავადებების იდენტიფიკაცია და ა.შ.
სურათი 01: RAPD
რა არის RFLP?
შეზღუდვის ფრაგმენტის სიგრძის პოლიმორფიზმი (RFLPs) არის მოლეკულური მარკერი, რომელიც გამოიყენება მოლეკულურ ბიოლოგიაში ჰომოლოგიური დნმ-ის თანმიმდევრობების გენეტიკური ვარიაციის იდენტიფიცირებისთვის. ეს არის პირველი გენეტიკური მარკერი, რომელიც შემუშავებულია დნმ-ის თითის ანაბეჭდისთვის. ყველა ორგანიზმი აწარმოებს უნიკალურ დნმ-ის პროფილებს სპეციფიკური შეზღუდვის ფერმენტებით შეზღუდვისას. RFLP ემსახურება როგორც მნიშვნელოვან ინსტრუმენტს ინდივიდების უნიკალური დნმ პროფილების შესაქმნელად და მათ შორის გენეტიკური ვარიაციის გამოვლენაში. როდესაც დნმ-ის ნიმუშები შეიწოვება სპეციფიკური შეზღუდვის ენდონუკლეაზებით, ის იძლევა სხვადასხვა დნმ პროფილებს, რომლებიც უნიკალურია თითოეული ინდივიდისთვის. აქედან გამომდინარე, ამ მეთოდის პრინციპია ორგანიზმებს შორის გენეტიკური ცვალებადობის გამოვლენა ჰომოლოგიური დნმ-ის შეზღუდვით სპეციფიური შეზღუდვის ფერმენტებით და ფრაგმენტის სიგრძის პოლიმორფიზმის ანალიზი გელის ელექტროფორეზისა და ბლოტის საშუალებით. ლაქების ნიმუშები უნიკალურია თითოეული ორგანიზმისთვის და ახასიათებს სპეციფიკურ გენოტიპებს.
შემდეგი ნაბიჯები დაკავშირებულია RFLP-თან.
- საკმარისი რაოდენობის დნმ-ის იზოლაცია ნიმუშებიდან
- დნმ-ის ნიმუშების ფრაგმენტაცია სპეციფიკური შეზღუდვის ენდონუკლეაზებით მოკლე თანმიმდევრობით
- მიღებული სხვადასხვა სიგრძის ფრაგმენტების გამოყოფა აგაროზის გელის ელექტროფორეზით.
- გელის პროფილის გადატანა მემბრანაში სამხრეთის ბლოტით
- მემბრანის ჰიბრიდიზაცია ეტიკეტირებული ზონდებით და ფრაგმენტის სიგრძის პოლიმორფიზმის ანალიზი თითოეულ პროფილში
RFLP-ს აქვს სხვადასხვა პროგრამა, როგორიცაა მემკვიდრეობითი დაავადებების დიაგნოსტიკა, გენომის რუკა, კრიმინალური იდენტიფიკაცია სასამართლო კვლევებში, მამობის ტესტირება და ა.შ.
სურათი 02: RFLP გენოტიპირება
რა განსხვავებაა RAPD-სა და RFLP-ს შორის?
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD არის მოლეკულური მარკერი, რომელიც დაფუძნებულია შემთხვევით პრაიმერებსა და PCR-ზე. | RFLP არის მოლეკულური მარკერი, რომელიც დაფუძნებულია სხვადასხვა სიგრძის შეზღუდვის ფრაგმენტების წარმოებაზე. |
| საჭირო ნიმუში | |
| დნმ-ის მცირე ნიმუშები საკმარისია RAPD ანალიზისთვის. | დიდი რაოდენობით ამოღებული დნმ-ის ნიმუშია საჭირო RFLP ანალიზისთვის. |
| დრო | |
| RAPD არის სწრაფი პროცესი. | RFLP არის შრომატევადი პროცესი. |
| პრაიმერის გამოყენება | |
| გამოიყენება შემთხვევითი პრაიმერები და იგივე პრაიმერები შეიძლება გამოყენებულ იქნას სხვადასხვა სახეობებისთვის. | სახეობის სპეციფიკური ზონდები გამოიყენება RFLP-ში ჰიბრიდიზაციისთვის. |
| საიმედოობა | |
| ტექნიკის სანდოობა ნაკლებია RFLP-თან შედარებით. | RFLP საიმედო ტექნიკაა. |
| Blotting | |
| RAPD მოიცავს სამხრეთის ბლოტინგს. | Southern blotting არის RFLP-ის ერთი ნაბიჯი. |
| ალელური ვარიაციის გამოვლენა | |
| ალელიური ვარიაციები ვერ აღმოაჩენს RAPD. | ალელური ვარიაციები შეიძლება გამოვლინდეს RFLP-ით. |
| მიმდევრობის ცოდნის საჭიროება | |
| RAPD არ საჭიროებს წინასწარი თანმიმდევრობის ცოდნას. | მიმდევრობის წინასწარი ცოდნა საჭიროა ზონდის დიზაინისთვის. |
| PCR | |
| PCR ჩართულია RAPD-თან | PCR არ არის ჩართული RFLP-თან. |
| გამეორებადობა | |
| RAPD-ს აქვს დაბალი განმეორებადობა | RFLP-ს აქვს მაღალი რეპროდუცირებადი RAPD-თან შედარებით. |
რეზიუმე – RAPD vs RFLP
RAPD და RFLP არის მნიშვნელოვანი მარკერები, რომლებიც გამოიყენება მოლეკულურ ბიოლოგიაში. ორივე მეთოდს შეუძლია გამოავლინოს გენეტიკური ცვალებადობა ორგანიზმებს შორის. RAPD ხორციელდება შემთხვევითი პრაიმერების გამოყენებით. RFLP ხორციელდება სპეციფიური შეზღუდვის ფერმენტების გამოყენებით. ორივე მეთოდი აწარმოებს დნმ-ის პროფილებს, რომლებიც უნიკალურია ცალკეული ორგანიზმებისთვის. RAPD მოიცავს შედარებით რამდენიმე ნაბიჯს, ვიდრე RFLP. მაგრამ ის აწარმოებს ნაკლებად საიმედო და გამეორებად შედეგებს, ვიდრე RFLP. ეს არის მთავარი განსხვავება RAPD-სა და RFLP-ს შორის.
