ძირითადი განსხვავება - ბენზონაზა და DNase
ნუკლეინის მჟავების დეგრადაცია მნიშვნელოვანია მრავალი მოლეკულური ბიოლოგიის ტექნიკისთვის. იგი ფართოდ გამოიყენება დნმ-ის რეკომბინანტულ ტექნოლოგიაში დნმ-ისა და რნმ-ის არასასურველი ფრაგმენტების მოსაშორებლად. ნუკლეინის მჟავას დაშლის ფერმენტებს უწოდებენ ნუკლეაზებს და ისინი შეიძლება იყოს სხვადასხვა ტიპის, საჭირო ფუნქციის მიხედვით. ნუკლეაზები, რომლებიც ანადგურებენ დნმ-ს, ცნობილია როგორც DNases, ხოლო ის, ვინც ანადგურებს RNA-ს, ცნობილია RNases. ეს ფერმენტები ძირითადად გამოიყენება ინ ვიტრო ექსპერიმენტებში, სადაც ინ ვიტრო მოლეკულური ტესტები ტარდება სუფთა დნმ-ის, რნმ-ის ან ცილების იზოლირებისთვის. ბენზონაზები არის ნუკლეაზების ტიპი, რომელიც ანადგურებს დნმ-ს და რნმ-ს, ხოლო დნაზები ანადგურებს მხოლოდ დნმ-ს.ეს არის მთავარი განსხვავება ბენზონაზასა და DNase-ს შორის.
რა არის ბენზონაზა?
ბენზონაზა არის გენეტიკურად ინჟინერირებული ენდონუკლეაზა Serratia marcescens-ისგან. ეს ფერმენტი წარმოებულია E. coli მასპინძლებში ინდუსტრიული მასშტაბით. ბენზონაზას შეუძლია გაანადგუროს ორჯაჭვიანი დნმ, ხაზოვანი დნმ, წრიული დნმ და ერთჯაჭვიანი რნმ. ამიტომ ბენზონაზა კომერციულად მნიშვნელოვანია. ბენზონაზას ფერმენტი არის ცილის დიმერი, რომელსაც აქვს 245 იდენტური ამინომჟავა, ~ 30 kDa ქვედანაყოფები ორი არსებითი დისულფიდური ბმით. ბენზონაზა არღვევს ნუკლეინის მჟავებს მის მე-5 ბოლოზე და იწვევს ფრაგმენტებს თავისუფალი მე-5 ბოლოებით. ბენზონაზას შეუძლია ნუკლეინის მჟავების დაშლა ნებისმიერი თანმიმდევრობით, მაგრამ უპირატესობას ანიჭებს GC მდიდარ რეგიონებს.
ბენზონაზა ინახება -20 0C. ოპტიმალური pH ფერმენტის აქტივობისთვის არის 8.0 – 9.2. ბენზონაზას გამოყენება მოიცავს ნიმუშის მომზადებას პროტეინის 2D გელის ელექტროფორეზისთვის, სადაც ბენზონაზა შლის შეკრულ ნუკლეინის მჟავებს და ნუკლეინის მჟავას დამაბინძურებლების მოცილებას რეკომბინანტული ცილოვანი პრეპარატებიდან.იგი ასევე გამოიყენება ცილის ექსტრაქტების სიბლანტის შესამცირებლად და უჯრედების ნარევში უჯრედების დაგროვების თავიდან ასაცილებლად.
რა არის DNase?
DNase არის ნუკლეაზა, ჰიდროლიზური ფერმენტი, რომელსაც მხოლოდ ორჯაჭვიანი დნმ-ის დაშლა შეუძლია. არსებობს DNase-ების ორი ძირითადი ტიპი: DNase I და DNase II. DNase I მონაწილეობს ორჯაჭვიანი დნმ-ის დაშლაში პოლინუკლეოტიდების წარმოქმნით 5' თავისუფალი ბოლოებით. DNase II მონაწილეობს ორჯაჭვიანი დნმ-ის დაშლაში, რათა წარმოქმნას პოლინუკლეოტიდური ჯაჭვები 3' თავისუფალი ბოლოებით ან გადახურებით.
DNase I
DNase I ფუნქციონირებს ოპტიმალური pH-ზე 7.0 – 8.0 შორის. ფერმენტის აქტივობა დამოკიდებულია ბევრ იონურ კოფაქტორზე, რომელიც მოიცავს Ca2+, Mg2+ ან Mn2+Mg2+ და Mn2+ აქტივობა განსაზღვრავს DNase I-ის ფუნქციას. Mg თანდასწრებით 2+, DNase I წყვეტს dsDNA-ს თითოეულ ჯაჭვს დამოუკიდებლად. ეს ხდება შემთხვევითი გზით. ამის საპირისპიროდ, Mn2+, თანდასწრებით ფერმენტი წყვეტს დნმ-ის ორივე ჯაჭვს დაახლოებით ერთსა და იმავე ადგილზე.ეს გაყოფა გამოიწვევს დნმ-ის ორი ტიპის ფრაგმენტის წარმოქმნას; ერთი ტიპი ბლაგვი ბოლოებით და მეორე ტიპი ერთი ან ორი ნუკლეოტიდის გადახურვით.
სურათი 02: DNase
DNase II
DNase II ფუნქციონირებს 4.5-5.0 ოპტიმალური pH-ზე და მისი აქტივობისთვის საჭიროა ორვალენტიანი ლითონის იონები, ისევე როგორც DNase I. ცნობილია, რომ DNase II-ის მექანიზმი შედგება სამი ძირითადი ეტაპისგან.
- მრავალჯერადი ერთჯაჭვიანი რღვევა გამოწვეულია დნმ-ის ხერხემალში.
- იწარმოება მჟავაში ხსნადი ნუკლეოტიდები და ოლიგონუკლეოტიდები.
- არაწრფივი ჰიპერქრომული ცვლა ხდება ბოლო ფაზაში.
DNase ფერმენტის მთავარ ინჰიბიტორებს მიეკუთვნება ლითონის ქელატორები, გარდამავალი ლითონები და ქიმიკატები, როგორიცაა ნატრიუმის დოდეცილ სულფატი და β - მერკაპტოეთანოლი.
DNase-ის ძირითადი გამოყენება მოიცავს დნმ-ისგან თავისუფალი რნმ-ის ექსტრაქტების და ცილის ექსტრაქტების მომზადებას და შაბლონის დნმ-ის მოცილებას ინ ვიტრო ტრანსკრიფციის ექსპერიმენტების დროს.
რა მსგავსებაა ბენზონაზასა და DNase-ს შორის?
- ორივე ჰიდროლიზური ფერმენტია.
- ორივე ნუკლეაზაა.
- ორივე მონაწილეობს ნუკლეინის მჟავების ფოსფოდიესტერული ბმების რღვევით.
- ორივეს სჭირდება ოპტიმალური pH და შენახვის ტემპერატურა ფერმენტის აქტივობის შესანარჩუნებლად.
- ფერმენტების ინჰიბიტორებს მიეკუთვნება ქელატაციური აგენტები, გარდამავალი ლითონები და სარეცხი ქიმიკატები.
- აპლიკაციები ძირითადად ორიენტირებულია დნმ-ის, რნმ-ისა და ცილების მაღალი სისუფთავის ექსტრაქტების მიღებაზე.
- ორივე ფერმენტი შეიძლება გამომუშავდეს გენეტიკური ინჟინერიის საშუალებით.
რა განსხვავებაა ბენზონაზასა და DNase-ს შორის?
ბენზონაზა vs DNase |
|
| ბენზონაზა არის ფერმენტი, რომელსაც შეუძლია დაშალოს ორჯაჭვიანი დნმ, ხაზოვანი დნმ, წრიული დნმ და რნმ. | DNase არის ფერმენტი, რომელსაც შეუძლია ორჯაჭვიანი დნმ-ის დაშლა. |
| სუბსტრატი ფერმენტისთვის | |
| როგორც დნმ, ასევე რნმ არის ბენზონაზას სუბსტრატები. | დნმ არის DNase სუბსტრატი. |
| სტრუქტურა | |
| ბენზონაზას pH-ის ოპტიმალური დიაპაზონი არის 7.0 -8.0 | DNase I-ის ოპტიმალური pH დიაპაზონი არის 7.0 – 8.0 და DNase II არის 4.5 – 5.0. |
რეზიუმე – ბენზონაზა vs DNase
ნუკლეაზას ფერმენტები ფართოდ გამოიყენება სხვადასხვა ექსპერიმენტულ პროცედურებში მოლეკულური ბიოლოგიისა და გენური ინჟინერიის მიმართ.ბენზონაზა და დნაზა არის ორი ტიპის ნუკლეაზა. ბენზონაზა მონაწილეობს როგორც დნმ-ის, ასევე რნმ-ის დაშლაში, ხოლო DNase მონაწილეობს ორჯაჭვიანი დნმ-ის დაშლაში. ეს არის ძირითადი განსხვავება ბენზონაზასა და DNase-ს შორის. დღეისათვის, ნუკლეაზას ორივე ტიპი იწარმოება რეკომბინანტული დნმ-ის ტექნოლოგიით, რომელიც იძლევა უფრო მაღალი ხარისხის ფერმენტებს, რომლებიც ოპტიმიზებულია მაქსიმალური წარმოებისთვის.
ჩამოტვირთეთ Benzonase vs DNase-ის PDF ვერსია
შეგიძლიათ ჩამოტვირთოთ ამ სტატიის PDF ვერსია და გამოიყენოთ იგი ოფლაინ მიზნებისთვის ციტირების შენიშვნის მიხედვით. გთხოვთ გადმოწეროთ PDF ვერსია აქ სხვაობა ბენზონაზასა და DNase-ს შორის
