ძირითადი განსხვავება - ბლანტი vs Sticky End Ligation
შემზღუდავი ენდონუკლეაზები არის სპეციფიკური ფერმენტები, რომლებიც ჭრიან ორჯაჭვიან დნმ-ს (dsDNA). ისინი ასევე ცნობილია როგორც მოლეკულური მაკრატელი მოლეკულურ ბიოლოგიაში. შემაკავებელ ფერმენტებს შეუძლიათ ამოიცნონ dsDNA-ს კონკრეტული მოკლე თანმიმდევრობა, რომელიც ცნობილია როგორც ამოცნობის ადგილები და დაშალონ ფოსფოდიესტერი და წყალბადის ბმები ორმაგი ძაფების გასახსნელად. ამ ფერმენტების მიერ გაყოფის შედეგად, დნმ-ის ფრაგმენტები წარმოიქმნება სხვადასხვა ტიპის ბოლოებით, როგორიცაა წებოვანი ბოლოები და ბლაგვი ბოლოები. დნმ ლიგაზა არის ფერმენტი, რომელიც გამოიყენება მოლეკულურ ბიოლოგიაში დნმ-ის ორი მიმდებარე ჯაჭვის შესაერთებლად ახალი ბმების წარმოქმნით.საფეხური ცნობილია, როგორც ლიგირება და ლიგირებული დნმ-ის ბოლოების ტიპის მიხედვით, მათ შეიძლება ეწოდოს ბლაგვი ბოლო ლიგირება და წებოვანი ბოლო ლიგირება. ბლაგვი და წებოვანი ბოლო ლიგაციას შორის მთავარი განსხვავებაა ის, რომ ბლაგვი ბოლო ლიგირება ხდება დნმ-ის ფრაგმენტებს შორის, რომლებიც შეიცავს ორ ბლაგვ ბოლოს, ხოლო წებოვანი ბოლო ლიგირება ხდება 5' და 3' გადახურვას შორის. ბლაგვი ბოლოების ლიგირებასთან შედარებით, წებოვანი ბოლოების ლიგირება უფრო ეფექტური და სტაბილურია.
რა არის ბლაგვი ლიგაცია?
ზოგიერთ შეზღუდულ ენდონუკლეაზას შეუძლია დნმ-ის მოჭრა საპირისპირო ფუძეებზე და წარმოქმნას ბლაგვი ბოლო დნმ-ის ფრაგმენტები. ეს ფერმენტები ცნობილია როგორც ბლაგვი ბოლო საჭრელი; ისინი იჭრებიან პირდაპირ შეზღუდვის ადგილის შუაში ისე, რომ არ ტოვებენ ერთჯერადი გადაკიდებული ბაზების. ბლაგვი ბოლოები ასევე ცნობილია, როგორც არაგადაკიდებული ბოლოები, რადგან მათ არ აქვთ 3' და 5' გადაკიდებული ფუძე ბოლოებზე. ორივე ღერი მთავრდება ბაზის წყვილებიდან ბლაგვი ბოლოებით. ბლაგვი ბოლოების ჭრის საერთო ფერმენტებია EcoRV HaeIII, AluI და SmaI.
ბლაგვი ბოლოების ლიგირება ჩართულია ორ ბლაგვი ბოლოს შორის. ეს არ არის ამობურცული ბაზების ლიგირება. ეს ლიგირება ნაკლებად ეფექტურია, ვიდრე წებოვანი ბოლო ლიგირება. თუმცა, ზოგიერთ შემთხვევაში, ბლაგვი ბოლო ლიგირება ხდება უფრო მომგებიანი, ვიდრე წებოვანი ბოლოების ლიგირება, განსაკუთრებით PCR პროდუქტების ლიგირებისას. PCR პროდუქტები ყოველთვის იწარმოება ბლაგვი ბოლოებით. ბლაგვი ბოლოების ლიგირება არ საჭიროებს დნმ-ის დამატებით ბოლოებს ლიგაციისთვის.
სურათი 01: ბლაგვი ბოლო წარმოება Eco RV ფერმენტით
რა არის Sticky End Ligation?
ზოგიერთ შეზღუდულ ენდონუკლეაზას შეუძლია dsDNA-ს მოჭრა, ბოლოში ტოვებს ერთჯაჭვიანი დნმ-ის გადახურულ ნაწილს. ეს ბოლოები ცნობილია როგორც წებოვანი ან გადახურული ბოლოები. წებოვანი ბოლოების ლიგირება ხდება დნმ-ის ორ ფრაგმენტს შორის, რომლებიც შეიცავს შესატყვის გადახურვებს, რადგან წებოვანი ბოლოები არის დაუწყვილებელი ბაზებით და საჭიროებენ დამატებით ფუძეებს ბმების შესაქმნელად.მაშასადამე, აუცილებელია დნმ-ის ორივე წყაროსთვის ერთი და იგივე შემაკავებელი ფერმენტის გამოყენება შესატყვისი ლიგატების ფრაგმენტების წარმოებისთვის.
წებოვანი ბოლოს ლიგირება უფრო ეფექტურია და ხშირად ძალიან სასურველია კლონირების პროცესებში. არსებობს რამდენიმე შემაკავებელი ფერმენტი, რომლებიც წარმოქმნიან წებოვან ბოლოებს. ესენია EcoRI, BamHI, HindIII და სხვ.
სურათი 02: წებოვანი ბოლოების წარმოება Eco RI ფერმენტის მიერ
რა განსხვავებაა ბლავან და წებოვან ლიგაციას შორის?
ბლანტი vs Sticky End Ligation |
|
| ბლაგვი ბოლოების ლიგირება ხდება ორ ბლაგვი ბოლო დნმ ფრაგმენტს შორის. | წებოვანი ბოლოების ლიგირება ხდება ორ შესატყვის დნმ ფრაგმენტს შორის წებოვანი ბოლოებით. |
| ფერმენტები | |
| ბლაგვი ბოლოები აწარმოებენ ბლაგვი ბოლოებს. | წებოვანი ბოლოები აწარმოებენ წებოვან ან შეკრულ ბოლოებს. |
| შესაბამისი ბოლოების მოთხოვნა | |
| არ საჭიროებს შესატყვის ფრაგმენტებს ან დამატებით საფუძვლებს. | საწყისების ფორმირებისთვის საჭიროებს დამატებით ფუძეებს ბოლოებში. |
| ეფექტურობა | |
| ეს ნაკლებად ეფექტურია, ვიდრე წებოვანი ბოლოების ლიგირება | ეს უფრო ეფექტურია, ვიდრე ბლაგვი ბოლოების ლიგირება. |
რეზიუმე – ბლანტი vs Sticky End Ligation
შეზღუდულ ენდონუკლეაზებს შეუძლიათ გატეხონ dsDNA და წარმოქმნან დნმ-ის ფრაგმენტები სხვადასხვა ბოლოებით.ისინი ცნობენ კონკრეტულ თანმიმდევრობას და ზღუდავენ დნმ-ს, რაც ქმნის წებოვან და ბლაგვი ბოლოებს. წებოვან ბოლოებს ფრაგმენტების ბოლოს აქვს დაუწყვილებელი ფუძეები. ბლაგვი ბოლოები იქმნება სწორი ჭრილობის გამო და ბოლოებში აქვთ ფუძის წყვილი. წებოვანი ბოლო ლიგირებას სჭირდება ორი დამატებითი ერთჯაჭვიანი დნმ-ის ცალი. ბლაგვი ბოლოების ლიგირება ხდება ნებისმიერ ორ ბლაგვი ბოლო ფრაგმენტს შორის. ეს არის განსხვავება ბლაგვ და წებოვან ლიგაციას შორის.
