ხაზებსა და SINE-ებს შორის მთავარი განსხვავება ისაა, რომ LINEs (გრძელი ინტერსპერსიული ბირთვული ელემენტები) არის უფრო გრძელი არა-LTR რეტროტრანსპოზიონების ტიპი, ხოლო SINE (მოკლე ინტერსპერსიული ბირთვული ელემენტები) არის ბევრად უფრო მოკლე არა-LTR რეტროტრანსპოზონების ტიპი.
არა-LTR რეტროტრანსპოზონები არ შეიცავს გრძელ ტერმინალურ გამეორებებს (LTR). თუმცა, ისინი შეიცავენ გენებს საპირისპირო ტრანსკრიპტაზას, რნმ-ის დამაკავშირებელ ცილას, ნუკლეაზას და რიბონუკლეაზას H დომენს. არა-LTR რეტროტრანსპოზონებს აქვთ მოკლე გამეორებები. ამ გამეორებებს აქვთ ფუძეების შებრუნებული რიგი ერთმანეთის გვერდით. გარდა ამისა, არა-LTR რეტროტრანსპოზონებს ასევე აქვთ პირდაპირი გამეორებები LRT ტრანსპოზონებში.არა-LTR რეტროტრანსპოზონები იყოფა ორ კატეგორიად, როგორც ხაზები და SINE.
რა არის ხაზები?
ხაზები (გრძელი ინტერპრესირებული ბირთვული ელემენტები) უფრო გრძელი არა-LTR რეტროტრანსპოზონებია. ისინი ფართოდ არიან გავრცელებული ევკარიოტების გენომებში. ისინი ჩვეულებრივ შეადგენენ ადამიანის გენომის 21,1%-ს. თითოეული ხაზი დაახლოებით 7000 ბაზის წყვილია. ხაზებს შეუძლიათ გადაიწერონ mRNA-ში და გარდაიქმნან ცილად, რომელსაც შეუძლია იმოქმედოს როგორც საპირისპირო ტრანსკრიპტაზას ფერმენტი. ეს საპირისპირო ტრანსკრიპტაზა აწარმოებს RNA ხაზების დნმ-ის ასლებს. ეს დნმ-ის ასლები შეიძლება ინტეგრირებული იყოს გენომში ახალ ადგილზე.
სურათი 01: ხაზები და SINE
ადამიანის გენომს აქვს მხოლოდ ერთი უხვი ხაზი, რომელსაც ეწოდება LINE-1. LINE-1 ელემენტის სიგრძეა დაახლოებით 6000 ბაზის წყვილი. ადამიანის გენომში დაახლოებით 100 000 შეკვეცილი LINE-1 ელემენტია.შემთხვევითი მუტაცია შეიძლება მოხდეს LINEs-ში. შემთხვევითი მუტაციების გამო, ხაზები შეიძლება გადაგვარდეს. ისინი აღარ იწერება და აღარ ითარგმნება. გარდა ამისა, LINEs დაჯგუფებულია ხუთ ძირითად ჯგუფად, როგორიცაა L1, RTE, R2, I და ჟოკეი. ეს ხუთი ჯგუფი შემდგომში იყოფა კიდევ 28 კლადად.
ხაზები ჩვეულებრივ მრავლდება მექანიზმის მეშვეობით, რომელსაც ეწოდება სამიზნე პრიმირებული საპირისპირო ტრანსკრიფციის მექანიზმი (TPRT). ხაზების ჩასმა იწვევს ადამიანის დაავადებებს, როგორიცაა ჰემოფილია A, კიბო, მენდელიური აშლილობა და ა.შ. ხაზების ჰიპომეთილაცია ასევე იწვევს კიბოს გარკვეულ ტიპებს.
რა არის SINE?
SINEs (მოკლე ინტერსპერსიული ბირთვული ელემენტები) არის ბევრად უფრო მოკლე არა-LTR რეტროტრანსპოზონების ტიპი. მათი სიგრძეა დაახლოებით 100-დან 700 ბაზის წყვილი. SINE ასევე არის დნმ-ის ელემენტები, რომლებიც აძლიერებენ თავს ევკარიოტულ გენომებში რნმ-ის შუალედური ნივთიერებების მეშვეობით. SINE-ები შეადგენენ ძუძუმწოვრების გენომის დაახლოებით 13%-ს. SINE-ების შიდა რეგიონები წარმოიქმნება tRNA-დან. ის რჩება უაღრესად კონსერვირებული.ისინი ხშირად გვხვდება ხერხემლიანთა და უხერხემლოების მრავალ სახეობაში. ასლების რიცხვის ცვალებადობა და მუტაციები SINE-ებში შეიძლება ჩართული იყოს სახეობების ფილოგენიაზე დაფუძნებული კლასიფიკაციის შესაქმნელად.
SINE შეიძლება დაიყოს სამ ძირითად ტიპად: CORE-SINE, V-SINE და AmnSINE. Alu ელემენტი არის ყველაზე გავრცელებული SINE პრიმატებში. უფრო მეტიც, არსებობს 50-ზე მეტი ადამიანის დაავადება, რომლებიც დაკავშირებულია SINE-ების შეყვანასთან. როდესაც ისინი შედიან ეგზონებში ან მის მახლობლად, მათ შეუძლიათ გამოიწვიონ არასწორი შერწყმა ან შეცვალონ წაკითხვის ჩარჩო. ეს იწვევს დაავადების ფენოტიპებს, როგორიცაა ძუძუს კიბო, მსხვილი ნაწლავის კიბო, ლეიკემია, ჰემოფილია, კისტოზური ფიბროზი, მსხვილი ნაწლავის კიბო, დენტის დაავადება, ნეიროფიბრომატოზი და სხვ.
რა მსგავსებაა ხაზებსა და SINE-ებს შორის?
- LINEs და SINE არის ორი ტიპის არა-LTR რეტროტრანსპოზონი.
- ორივეს არ აქვს გრძელი ტერმინალის რეგიონები (LTR).
- ორივე უპირატესად მხოლოდ ევკარიოტებში გვხვდება.
- ისინი ორივე არაავტონომიურია.
რა განსხვავებაა ხაზებსა და SINE-ებს შორის?
ხაზები უფრო გრძელი არა-LTR რეტროტრანსპოზონებია, ხოლო SINE-ები გაცილებით მოკლე არა-LTR რეტროტრანსპოზონებია. ასე რომ, ეს არის მთავარი განსხვავება LINE-სა და SINE-ს შორის. გარდა ამისა, LINES კოდირებს საპირისპირო ტრანსკრიპტაზას ფერმენტს, ხოლო SINE არ კოდირებს საპირისპირო ტრანსკრიპტაზას ფერმენტს. ამრიგად, ეს არის კიდევ ერთი განსხვავება LINE-სა და SINE-ს შორის.
დამატებითი განსხვავებები ხაზებსა და SINE-ებს შორის ქვემოთ მოცემულია ცხრილის სახით გვერდიგვერდ შედარებისთვის.
შეჯამება – LINEs vs SINEs
რეტროტრანსპოზონები ძირითადად გვხვდება ყველა ევკარიოტში, მაგრამ არ არსებობს პროკარიოტებში. ადამიანის გენომის დაახლოებით 37% შეიცავს რეტროტრანსპოზონებს. რეტროტრანსპოზონები ძირითადად ორი ტიპისაა: LTR და არა-LTR რეტროტრანსპოზონები. არა-LTR რეტროტრანსპოზონები არ შეიცავს გრძელ ტერმინალურ გამეორებებს (LTR), რომლებიც წარმოდგენილია LTR რეტროტრანსპოზონებში.არა-LTR რეტროტრანსპოზონები შემდგომში იყოფა ორ კატეგორიად: LINEs და SINEs. LINE-ები უფრო გრძელი არა-LTR რეტროტრანსპოზონებია, ხოლო SINE-ები გაცილებით მოკლე არა-LTR რეტროტრანსპოზონებია. ამრიგად, ეს არის განსხვავების შეჯამება ხაზებსა და SINE-ებს შორის.
