ძირითადი განსხვავება – Nick Translation vs Primer Extension
ნიკის ტრანსლაცია და პრაიმერის გაფართოება არის ორი მნიშვნელოვანი ტექნიკა, რომელიც შესრულებულია მოლეკულურ ბიოლოგიაში. ნიკის ტრანსლაციასა და პრაიმერის გაფართოებას შორის მთავარი განსხვავებაა ის, რომ ნიკის თარგმნის პროცესი წარმოქმნის ეტიკეტირებულ ზონდებს სხვა ჰიბრიდიზაციის ტექნიკისთვის, ხოლო პრაიმერის გაფართოების მეთოდი განსაზღვრავს სპეციფიკურ რნმ-ის თანმიმდევრობას ნარევიდან და ავლენს ინფორმაციას mRNA-ს ექსპრესიის შესახებ. ორივე ტექნიკას დიდი მნიშვნელობა აქვს და რეგულარულად ხორციელდება მოლეკულური კვლევის ლაბორატორიებში.
რა არის ნიკ თარგმანი?
Nick translation არის მნიშვნელოვანი ტექნიკა, რომელიც გამოიყენება ეტიკეტირებული ზონდების მოსამზადებლად სხვადასხვა მოლეკულური ბიოლოგიური ტექნიკისთვის, როგორიცაა blotting, in situ ჰიბრიდიზაცია, fluorescent in situ ჰიბრიდიზაცია და ა.შ.ეს არის დნმ-ის მარკირების ინ ვიტრო მეთოდი. დნმ-ის ზონდები გამოიყენება დნმ-ის ან რნმ-ის კონკრეტული თანმიმდევრობების დასადგენად. მარკირებული ზონდის დახმარებით შესაძლებელია კონკრეტული ფრაგმენტების მონიშვნა ან ვიზუალიზაცია ნუკლეინის მჟავის რთული ნარევიდან. ამიტომ, ეტიკეტირებული ზონდები მზადდება სხვადასხვა ტექნიკის გამოყენებით, რომლებიც გამოიყენება სხვადასხვა ტექნიკისთვის. ნიკის ტრანსლაცია ერთ-ერთი ასეთი მეთოდია, რომელიც აწარმოებს ეტიკეტირებულ ზონდებს DNase 1 და დნმ პოლიმერაზა 1 ფერმენტების დახმარებით.
ნიკის თარგმნის პროცესი იწყება DNase 1 ფერმენტის აქტივობით. DNase 1 აჩენს ნიკებს ორჯაჭვიანი დნმ-ის ფოსფატის ხერხემალში ნუკლეოტიდებს შორის ფოსფოდიესტერული ბმების გაწყვეტით. მას შემდეგ, რაც ნიკა იქმნება, იქმნება ნუკლეოტიდის თავისუფალი 3’ OH ჯგუფი და მასზე იმოქმედებს დნმ პოლიმერაზა 1 ფერმენტი. დნმ პოლიმერაზა 1-ის 5'-დან 3'-მდე ეგზონუკლეაზური აქტივობა აშორებს ნუკლეოტიდებს ნიკიდან დნმ-ის ჯაჭვის 3' მიმართულებით. ამავდროულად, დნმ პოლიმერაზა 1 ფერმენტის პოლიმერაზული აქტივობა მუშაობს და ამატებს ნუკლეოტიდებს ამოღებული ნუკლეოტიდების ჩანაცვლებისთვის.თუ ნუკლეოტიდები იყო მარკირებული, ჩანაცვლება მოხდება ეტიკეტირებული ნუკლეოტიდებით და ის მონიშნავს დნმ-ს იდენტიფიკაციისთვის. ეს ახლად სინთეზირებული ეტიკეტირებული დნმ შეიძლება გამოყენებულ იქნას როგორც ზონდი მოლეკულურ ბიოლოგიაში ჰიბრიდიზაციის სხვადასხვა რეაქციებში.
სურათი 01: ნიკის თარგმნის პროცესი
რა არის Primer Extension?
პრაიმერის გაფართოება არის ტექნიკა, რომელიც გამოიყენება რნმ-ის ნარევიდან კონკრეტული რნმ-ის თანმიმდევრობის მოსაძებნად და mRNA ტრანსკრიპტის მე-5' დასასრულის დასადგენად. იგი ასევე გამოიყენება რნმ-ის სტრუქტურისა და ექსპრესიის შესასწავლად. პრაიმერის გაფართოების მეთოდი ხორციელდება მარკირებული პრაიმერებით ან ეტიკეტირებული ნუკლეოტიდებით. თუ ეტიკეტირებული პრაიმერები გამოიყენება, ეს გამორიცხავს ნუკლეოტიდების მარკირების საჭიროებას, რომლებიც გამოიყენება cDNA-ს სინთეზისთვის.ამ ტექნიკაში რამდენიმე ეტაპია. იგი იწყება ნიმუშიდან რნმ-ის ამოღებით. შემდეგ ნარევს ემატება ეტიკეტირებული ოლიგონუკლეოტიდური პრაიმერი აუცილებელ ინგრედიენტებთან ერთად კონკრეტული რნმ-ის თანმიმდევრობის cDNA-ს სინთეზისთვის. პრაიმერი ადუღდება ნარევიდან დამატებითი თანმიმდევრობით. შაბლონად პრაიმერის ანეილირებული თანმიმდევრობის გამოყენებით, ფერმენტის საპირისპირო ტრანსკრიპტაზა სინთეზირებს რნმ-ის თანმიმდევრობის დამატებით დნმ-ს (cDNA). პრაიმერის ანეილირება და საპირისპირო ტრანსკრიფცია ხდება მხოლოდ მაშინ, როდესაც რნმ-ის სპეციფიკური თანმიმდევრობა იმყოფება ნიმუშში. ბოლოს, როდესაც დენატურირებული გელის ელექტროფორეზი კეთდება, შეიძლება განისაზღვროს რნმ-ის თანმიმდევრობის ზომა. ასევე ადვილია mRNA (ტრანსკრიფციის დაწყების ადგილი) მიმდევრობის +1 ფუძის პოვნა პრაიმერის გაფართოების მეთოდით. ნიმუშში არსებული mRNA-ს რაოდენობა შეიძლება განისაზღვროს ამ მეთოდით, თუ ჭარბი პრაიმერი გამოიყენება.
სურათი 02: პრაიმერის გაფართოება
რა განსხვავებაა Nick Translation და Primer Extension-ს შორის?
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| ნიკის ტრანსლაცია არის პროცესი, რომელიც ქმნის ეტიკეტირებულ დნმ-ის ზონდებს სხვადასხვა ჰიბრიდიზაციის რეაქციებისთვის. | პრაიმერის გაფართოება არის ტექნიკა, რომელიც გამოიყენება სპეციფიკური რნმ-ის მოსაძებნად ან გენის ექსპრესიის შესასწავლად. |
| ფერმენტები გამოყენებული | |
| გამოიყენება DNase 1 და დნმ პოლიმერაზას ფერმენტები. | გამოიყენება უკუ ტრანსკრიპტაზას ფერმენტი. |
| მნიშვნელობა | |
| ნიკის ტრანსლაცია ხელს უწყობს კონკრეტული დნმ-ის თანმიმდევრობის მარკირებას. | პრაიმერის გაფართოება იძლევა mRNA თანმიმდევრობის სპეციფიკური ზომისა და ნიმუშში არსებული რაოდენობის გამოვლენას. |
რეზიუმე – Nick Translation vs Primer Extension
ნიკის ტრანსლაცია არის მეთოდი, რომელიც გამოიყენება ეტიკეტირებული ზონდების სინთეზირებისთვის DNase 1 და E coli დნმ პოლიმერაზა 1 ფერმენტების აქტივობაზე დაყრდნობით. ეს არის ინ ვიტრო მეთოდი, რომელიც გამოიყენება ლაბორატორიებში ჰიბრიდიზაციის სხვადასხვა ტექნიკამდე. ნიკის ტრანსლაციის დროს, დნმ პოლიმერაზა 1-ის 5'-3' ეგზონუკლეაზური აქტივობა აშორებს ნუკლეოტიდებს ნიკზე წინ, ხოლო დნმ პოლიმერაზა 1-ის პოლიმერაზული აქტივობა ცვლის ამოღებულ ნუკლეოტიდებს მონიშნული ნუკლეოტიდებით ნიკის უკან. პრაიმერის გაფართოება არის მეთოდი, რომელიც გამოიყენება ნარევიდან კონკრეტული რნმ-ის ტრანსკრიპტის გამოსავლენად და ინტერესის რნმ-ის ზომისა და რაოდენობის დასადგენად. ეს არის განსხვავება ნიკის თარგმანსა და პრაიმერის გაფართოებას შორის.
