ძირითადი განსხვავება - წინ და უკუ პრაიმერი
პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქცია (PCR) არის დნმ-ის გაძლიერების მეთოდი, რომელიც გამოიყენება მოლეკულურ ბიოლოგიურ პროგრამებში. ეს არის საყოველთაოდ გამოყენებული ტექნიკა, რომელიც ქმნის განსაკუთრებით დაინტერესებული დნმ-ის მიმდევრობის მილიონობით მილიარდ ასლს. ეს არის ლაბორატორიებში ჩატარებული ინ ვიტრო მეთოდი. PCR ტექნიკა მთლიანად არის დამოკიდებული კომერციულად წარმოებულ დნმ პოლიმერაზაზე, რომელსაც ეწოდება Taq პოლიმერაზა. და ასევე მოითხოვს რამდენიმე სხვა კომპონენტს და სათანადო ტემპერატურის შენარჩუნებას. ერთი მნიშვნელოვანი კომპონენტია პრაიმერები. პრაიმერები არის დნმ-ის მოკლე თანმიმდევრობები, რომლებიც სპეციალურად შექმნილია სამიზნე დნმ-ის თანმიმდევრობისთვის.ისინი, როგორც წესი, დაახლოებით 20 ნუკლეოტიდის სიგრძეა. Taq პოლიმერაზა კატალიზებს ნუკლეოტიდების დამატებას არსებულ ნუკლეოტიდურ თანმიმდევრობაში. აქედან გამომდინარე, პრაიმერები ემსახურება ახალი ძაფების სინთეზის საწყის წერტილებს. Taq პოლიმერაზა მუშაობს მხოლოდ 5'-დან 3'-მდე მიმართულებით, ამიტომ დნმ-ის სინთეზი ხდება იმავე 5'-დან 3'-მდე მიმართულებით. ვინაიდან დნმ ორჯაჭვიანია, PCR-ში საჭიროა ორი ტიპის პრაიმერი. ისინი ცნობილია როგორც წინა პრაიმერი და საპირისპირო პრაიმერი. წინა და საპირისპირო პრაიმერებს უწოდებენ დნმ-ში პრაიმერის გახანგრძლივების მიმართულებიდან გამომდინარე, როდესაც ხდება დნმ-ის სინთეზი. წინა პრაიმერი ანელდება ანტისენსიური დნმ-ის ჯაჭვით და იწყებს გენის +ve ჯაჭვის სინთეზს 5'-დან 3'-მდე მიმართულებით. საპირისპირო პრაიმერი ანელებს სენსორულ ძაფს და იწყებს კოდირების ჯაჭვის დამატებითი ჯაჭვის სინთეზს; რომელიც არის –ve გენის ჯაჭვი 5-დან 3-მდე მიმართულებით. ეს არის მთავარი განსხვავება წინა და საპირისპირო პრაიმერებს შორის.
რა არის Forward Primer?
წინა ორიენტაცია არის კოდირების ჯაჭვის ან გენის გრძნობითი ჯაჭვის სინთეზი. Taq პოლიმერაზა კატალიზებს ახალი ჯაჭვის სინთეზს 5'-დან 3'-მდე მიმართულებით. კოდირების ჯაჭვის სინთეზი ხდება მაშინ, როდესაც პრაიმერი ადუღდება არაკოდირებულ ან ანტისენსიურ ძაფთან და გრძელდება 5'-დან 3'-მდე მიმართულებით.
სურათი 01: წინა და უკანა პრაიმერი
პრაიმერი, რომელიც ანელებს ანტისენსურ ძაფს ან არაკოდირებულ ძაფს ან შაბლონის ძაფს, ცნობილია როგორც წინა პრაიმერი, რადგან წინა პრაიმერი მოქმედებს როგორც საწყისი წერტილი კოდირების ან გენის დადებითი ჯაჭვის სინთეზისთვის. წინა პრაიმერს აქვს მოკლე ნუკლეოტიდური თანმიმდევრობა, რომელიც ავსებს ანტიმგრძნობიარე ჯაჭვის 3' ფლანგური ბოლოს. ის ჰიბრიდდება ანტისენსურ ძაფთან და ხელს უწყობს Taq პოლიმერაზას ნუკლეოტიდების დამატებაში, რომლებიც ავსებენ შაბლონის ძაფს.
რა არის საპირისპირო პრაიმერი?
შებრუნებული პრაიმერი არის დნმ-ის მოკლე თანმიმდევრობა, რომელიც ანელებს გრძნობის ჯაჭვის 3' ბოლოთი ან კოდირების ძაფით. საპირისპირო პრაიმერი ემსახურება როგორც ამოსავალი წერტილი კოდირების მიმდევრობის ან არაკოდირების მიმდევრობის დამატებითი ჯაჭვის სინთეზს. საპირისპირო პრაიმერი შექმნილია კოდირების ძაფის 3' ბოლოს დამატებით. მაშასადამე, ის ანელებს კოდირების ჯაჭვის ფლანგური 3’ ბოლოთი და საშუალებას აძლევს Taq პოლიმერაზას მოახდინოს ანტისენსიური ძაფის ან შაბლონის ძაფების სინთეზირება. ვინაიდან მისი ორიენტაცია საპირისპიროა, ეს პრაიმერი მონიშნულია, როგორც საპირისპირო პრაიმერი.
როგორც საპირისპირო, ისე წინა პრაიმერი მნიშვნელოვანია დნმ-ის კონკრეტული რეგიონების მილიონობით მილიარდამდე ასლის წარმოებისთვის, რომლებიც მიზანმიმართულია ან დაინტერესებულია.
რა მსგავსებაა წინა და საპირისპირო პრაიმერს შორის?
- როგორც Forward და Reverse პრაიმერი დამზადებულია ოლიგონუკლეოტიდებისგან.
- როგორც წინ, ასევე უკუ პრაიმერებს გააჩნიათ მოკლე ნუკლეოტიდური თანმიმდევრობა, რომელიც ავსებს დნმ-ის ორმაგი ჯაჭვების ფლანგური ბოლოებს.
- როგორც წინა, ასევე უკუ პრაიმერი ჩვეულებრივ შედგება 20 ნუკლეოტიდისგან.
- როგორც წინა, ასევე უკუ პრაიმერი გამოიყენება პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქციების დროს.
- როგორც Forward და Reverse Primer სინთეზირებულია კომერციულად.
- როგორც Forward და Reverse პრაიმერი ტემპერატურის სტაბილურია და ჩვეულებრივ აქვთ მსგავსი Tm.
- როგორც წინა, ასევე უკუ პრაიმერი ანელდება სამიზნე დნმ-ის თანმიმდევრობით.
- როგორც Forward და Reverse Primer შექმნილია PCR რეაქციების მიხედვით.
- როგორც წინა, ასევე უკუ პრაიმერი ემსახურება დნმ-ის გაძლიერების საწყისი წერტილებს.
- როგორც საპირისპირო, ისე წინა პრაიმერი მნიშვნელოვანია მიზნობრივი ან დაინტერესებული დნმ-ის მიმდევრების კონკრეტული რეგიონების მილიონი ასლის წარმოებისთვის.
რა განსხვავებაა წინა და საპირისპირო პრაიმერს შორის?
Forward Primer vs Reverse Primer |
|
| წინა პრაიმერი არის დნმ-ის მოკლე თანმიმდევრობა, რომელიც ჰიბრიდირებულია გენის არაკოდირებადი ან შაბლონური ჯაჭვის 3' ბოლოსთან და ემსახურება როგორც საწყისი წერტილი კოდირების მიმდევრობის სინთეზს. | შებრუნებული პრაიმერი არის დნმ-ის მოკლე თანმიმდევრობა, რომელიც ჰიბრიდირებულია კოდირების ან არათარგის ჯაჭვის 3' ბოლოსთან და ემსახურება როგორც საწყისი წერტილი არაკოდირების მიმდევრობის სინთეზს. |
| ანეილირების ძაფი | |
| წინასწარი პრაიმერი ანელებს შაბლონის ძაფით. | უკუ პრაიმერი ადუღებს თარგის გარეშე. |
| შედეგად ახალი თანმიმდევრობა | |
| წინა პრაიმერი აადვილებს კოდირების თანმიმდევრობის სინთეზს. | უკუ პრაიმერი აადვილებს არაკოდირების მიმდევრობის სინთეზს. |
რეზიუმე – წინ და საპირისპირო პრაიმერი
PCR ტექნიკაში ჩართულია ორი ტიპის პრაიმერი. ისინი წარმოადგენენ წინა და საპირისპირო პრაიმერებს. დნმ-ის ახალი ჯაჭვის სინთეზში პრაიმერის გახანგრძლივებიდან გამომდინარე, ეს პრაიმერები ეტიკეტირებულია ან დასახელებულია. Taq პოლიმერაზა ასინთეზებს ახალ დნმ-ს 5'-დან 3'-მდე ორიენტაციაში. ამრიგად, პრაიმერები შექმნილია როგორც ორმაგი ძაფების 3' ბოლოების შემავსებელი. წინა პრაიმერი, რომელიც გრძელდება 5'-დან 3'-მდე მიმართულებით, ჰიბრიდირებულია ანტისენსუსის 3' ბოლოსთან ან შაბლონთან ან არაკოდირებულ თანმიმდევრობასთან. ის ემსახურება როგორც ამოსავალი წერტილი კოდირების თანმიმდევრობის სინთეზს. საპირისპირო პრაიმერი, რომელიც გრძელდება 5'-დან 3'-მდე მიმართულებით, ჰიბრიდირებულია კოდირების ან არათარგის ან სენსორული ძაფის 3' ბოლოსთან.ის ემსახურება როგორც ამოსავალი წერტილი არაკოდირების მიმდევრობის სინთეზს. ეს არის განსხვავება წინა და უკანა პრაიმერს შორის.
