ძირითადი განსხვავება BLAST-სა და FastA-ს შორის არის ის, რომ BLAST არის ძირითადი გასწორების ინსტრუმენტი, რომელიც ხელმისაწვდომია ბიოტექნოლოგიის ინფორმაციის ეროვნული ცენტრის ვებსაიტზე, ხოლო FastA არის მსგავსების საძიებო ინსტრუმენტი, რომელიც ხელმისაწვდომია ევროპის ბიოინფორმატიკის ინსტიტუტის ვებსაიტზე.
BLAST და FastA არის ორი პროგრამა, რომელიც ფართოდ გამოიყენება სხვადასხვა სახეობის დნმ-ის, ამინომჟავების, ცილების და ნუკლეოტიდების ბიოლოგიური თანმიმდევრობების შესადარებლად და მათი მსგავსების მოსაძებნად. ეს ალგორითმები დაიწერა სიჩქარის გათვალისწინებით. იმის გამო, რომ როდესაც 1980-იანი წლების შუა ხანებში მეცნიერებმა შეძლეს ლაბორატორიაში დნმ-ის იზოლირება, გაჩნდა საჭიროება შეედარებინათ და იპოვონ იდენტური გენები შემდგომი კვლევისთვის დიდი სიჩქარით.აქედან გამომდინარე, ეს ორი პროგრამული უზრუნველყოფა შემუშავებულია ისე, რომ მომხმარებელს შეუძლია მსგავსი თანმიმდევრობების სწრაფი ძიება მათი შეკითხვის თანმიმდევრობით.
BLAST არის ძირითადი ლოკალური გასწორების საძიებო ინსტრუმენტის აბრევიატურა და იყენებს ლოკალიზებულ მიდგომას ორი მიმდევრობის შედარებისას. FastA არის პროგრამა, რომელიც ეხება Fast A-ს, სადაც A ნიშნავს ყველას. აქ პროგრამა მუშაობს ანბანებთან, როგორიცაა Fast A დნმ-ის თანმიმდევრობისთვის და Fast P ცილისთვის. ორივე BLAST და FastA ძალიან სწრაფია ნებისმიერი გენომის მონაცემთა ბაზის შედარებაში და, შესაბამისად, ძალიან სიცოცხლისუნარიანია როგორც მონეტარული, ისე დროის დაზოგვის თვალსაზრისით.
რა არის BLAST?
BLAST არის ერთ-ერთი ყველაზე ფართოდ გამოყენებული ბიოინფორმატიკის პროგრამული უზრუნველყოფა, რომელიც შეიქმნა 1990 წელს. მას შემდეგ ის ყველასთვის ხელმისაწვდომია NCBI-ს საიტზე. გარდა ამისა, ნებისმიერ ადამიანს შეუძლია ამ პროგრამული უზრუნველყოფის წვდომა და მისი გამოყენება. უფრო მეტიც, BLAST არის პროგრამა, რომელსაც სჭირდება შეყვანის მონაცემები ან თანმიმდევრობები FastA ფორმატში. მაგრამ, ის იძლევა გამომავალ მონაცემებს უბრალო ტექსტში, HTML ან XML ფორმატში. BLAST მუშაობს ორ მიმდევრობას შორის ლოკალიზებული მსგავსების ძიების პრინციპზე და ჩამოთვლის მსგავს მიმდევრობებს და ამის შემდეგ ეძებს სამეზობლო მსგავსებებს.
სურათი 01: BLAST შედეგები
ამგვარად, ეს პროგრამა ეძებს მსგავსი ლოკალური რეგიონების დიდ რაოდენობას და იძლევა შედეგს ზღვრული მნიშვნელობის მიღწევისას. თუმცა, ეს პროცესი განსხვავდება ადრინდელი პროგრამული უზრუნველყოფისგან, რომელიც ჯერ ეძებს მთელ თანმიმდევრობას და შემდეგ აკეთებს შედარებას და, შესაბამისად, დიდი დრო დასჭირდა.
ზემოხსენებული მსგავსების შემოწმების გარდა, BLAST-ს აქვს მრავალი სხვა გამოყენება, როგორიცაა დნმ-ის რუკების შედარება, ორი იდენტური გენის შედარება სხვადასხვა სახეობებში, ფილოგენეტიკური ხის შექმნა და ა.შ.
რა არის FastA?
FastA არის ცილის თანმიმდევრობის გასწორების პროგრამა. დევიდ ჯ. ლიპმანმა და უილიამ რ. პირსონმა აღწერეს ეს პროგრამა 1985 წელს. მიუხედავად იმისა, რომ ამ პროგრამული უზრუნველყოფის თავდაპირველი გამოყენება იყო მხოლოდ ცილების თანმიმდევრობების შედარება, მის შეცვლილ ვერსიას შეეძლო დნმ-ის თანმიმდევრობების შედარებაც.აქ, ეს პროგრამა იყენებს ორ მიმდევრობას შორის მსგავსების პოვნის პრინციპს სტატისტიკურად. იგი ემთხვევა დნმ-ის ან პროტეინის ერთ თანმიმდევრობას სხვა თანმიმდევრობას ადგილობრივი თანმიმდევრობის გასწორების მეთოდით.
სურათი 02: FastA
თუმცა, ის ეძებს ადგილობრივ რეგიონებს მსგავსებისთვის, მაგრამ არა საუკეთესო შესატყვისს ორ მიმდევრობას შორის. ვინაიდან ეს პროგრამული უზრუნველყოფა ადარებს ლოკალიზებულ მსგავსებებს, მას ასევე შეუძლია შეუსაბამობა. თანმიმდევრობით, FastA იღებს მცირე ნაწილს, რომელიც ცნობილია როგორც k-tuples, სადაც ტოპები შეიძლება იყოს 1-დან 6-მდე და ემთხვევა სხვა მიმდევრობის k-ტუპებს. დამთხვევის პროცესის დასასრულს, როდესაც ის მიაღწევს ზღვრულ მნიშვნელობას, ის იძლევა შედეგს.
რა მსგავსებაა BLAST-სა და FastA-ს შორის?
- BLAST და FastA არის ბიოინფორმატიკის ხელსაწყოები, რომლებიც გამოიყენება ცილების და დნმ-ის თანმიმდევრობების შესადარებლად მსგავსებისთვის.
- ასევე, ორივე პროგრამა იყენებს ქულების სტრატეგიას თანმიმდევრობებს შორის შედარების გასაკეთებლად.
- უფრო მეტიც, ორივე ინსტრუმენტი იძლევა უაღრესად ზუსტ შედეგებს.
რა განსხვავებაა BLAST-სა და FastA-ს შორის?
BLAST არის ინსტრუმენტი ბიოლოგიურ თანმიმდევრობებს შორის მსგავსების შესამოწმებლად. მეორეს მხრივ, FastA არის კიდევ ერთი პროგრამა, რომელიც ხელს უწყობს ცილის და დნმ-ის თანმიმდევრობების მსგავსების შემოწმებას. თუმცა, FastA-სთან შედარებით, BLAST პროგრამა ძალიან პოპულარულია, რადგან ის იძლევა უფრო ზუსტ და სწრაფ შედეგებს. აქედან გამომდინარე, ეს არის განსხვავება BLAST-სა და FastA-ს შორის. გარდა ამისა, FastA-სგან განსხვავებით, BLAST პროგრამა მოდიფიცირებადია მომხმარებლის საჭიროების მიხედვით. ამიტომ, ეს არის კიდევ ერთი განსხვავება BLAST-სა და FastA-ს შორის.
ქვემოთ მოცემული ინფოგრაფიკა BLAST-სა და FastA-ს შორის სხვაობის შესახებ უფრო მეტ დეტალს იძლევა.
რეზიუმე – BLAST vs FastA
BLAST და FastA არის ორი პროგრამა, რომელიც მომხმარებელს საშუალებას აძლევს შეადაროს თავისი შეკითხვის თანმიმდევრობა არსებულ მონაცემთა ბაზების თანმიმდევრობებთან და შეამოწმოს მსგავსება. FastA-ს საწყისი დანიშნულება იყო მხოლოდ პროტეინის თანმიმდევრობების შედარება. მაგრამ, ამ პროგრამული უზრუნველყოფის შეცვლილი ვერსია ხელს უწყობს როგორც ცილების, ასევე დნმ-ის თანმიმდევრობის შედარებას. მიუხედავად იმისა, რომ FastA კარგი პროგრამაა, ადამიანების უმეტესობა იყენებს BLAST გასწორების ხელსაწყოს, რადგან ის უფრო პოპულარულია და უფრო ზუსტ და სწრაფ შედეგებს იძლევა ვიდრე FastA. ასევე, BLAST ინსტრუმენტი შეიძლება შეიცვალოს მომხმარებლის მოთხოვნების შესაბამისად. მოკლედ, ეს აჯამებს განსხვავებას BLAST-სა და FastA-ს შორის.
