ძირითადი განსხვავება FASTA-სა და FASTQ-ს შორის არის ის, რომ FASTA არის ტექსტზე დაფუძნებული ფორმატი, რომელიც ინახავს მხოლოდ ნუკლეოტიდს ან ცილის თანმიმდევრობებს, ხოლო FASTQ არის ტექსტზე დაფუძნებული ფორმატი, რომელიც ინახავს როგორც თანმიმდევრობას, ასევე თანმიმდევრობის ხარისხის მნიშვნელობებს.
ბიოინფორმატიკა არის დარგი, რომელიც იყენებს სხვადასხვა პროგრამულ უზრუნველყოფას ბიოლოგიური მონაცემების გასაანალიზებლად და გასაგებად, განსაკუთრებით მაშინ, როდესაც მონაცემთა ნაკრები რთული და დიდია. ეს სფერო აერთიანებს ბიოლოგიას, ქიმიას, ფიზიკას, კომპიუტერულ მეცნიერებას, საინფორმაციო ინჟინერიას, მათემატიკას და სტატისტიკას ბიოლოგიური მონაცემების გასაანალიზებლად და ინტერპრეტაციისთვის. FASTA და FASTQ არის ორი თანმიმდევრობის წარმოდგენის ფორმატი ბიოინფორმატიკის სფეროში მიმდევრობების გასწორებისა და ანალიზისთვის.სინამდვილეში, FASTQ არის თანმიმდევრული ფაილის ფორმატი, რომელიც აფართოებს FASTA ფორმატს თანმიმდევრობის ხარისხის შესანახად.
რა არის FASTA?
FASTA არის დნმ-ისა და ცილების თანმიმდევრობის გასწორების პროგრამა. FASTA პროგრამული უზრუნველყოფა იყენებს FASTA ფორმატს. ეს არის ტექსტზე დაფუძნებული ფორმატი, რომელიც წარმოადგენს ნუკლეოტიდურ თანმიმდევრობებს ან ამინომჟავების (ცილის) თანმიმდევრობებს. აქ, ერთი ასო კოდები წარმოადგენს ორივე ამ თანმიმდევრობას. FASTA არის მნიშვნელოვანი ინსტრუმენტი ბიოინფორმატიკისა და ბიოქიმიის სფეროებში. ეს ფორმატი საშუალებას იძლევა, რომ თანმიმდევრობის სახელები და კომენტარები წინ უსწრებდეს თანმიმდევრობას.
სურათი 01: FASTA თანმიმდევრობა
ეს ფორმატი წარმოიშვა FASTA პროგრამული უზრუნველყოფიდან და დაინერგა დევიდ ჯ.:დნმ, ცილა:გადათარგმნილი დნმ (ჩარჩოების ცვლილებით) და შეკვეთილი ან დაუგეგმავი პეპტიდის ძიება. FASTA კითხულობს მოცემულ ნუკლეოტიდს ან ამინომჟავას თანმიმდევრობას და ეძებს შესაბამისი თანმიმდევრობის მონაცემთა ბაზას ადგილობრივი მიმდევრობის გასწორების გამოყენებით, რათა იპოვოს მსგავსი მონაცემთა ბაზის თანმიმდევრობა.
რა არის FASTQ?
FASTQ არის გასწორების პროგრამა, რომელიც გამოიყენება ბიოინფორმატიკის სფეროში, რომელიც ინახავს როგორც ბიოლოგიურ თანმიმდევრობას (ჩვეულებრივ ნუკლეოტიდურ თანმიმდევრობას) ასევე მის შესაბამის ხარისხის ქულებს. FASTQ თავდაპირველად შეიქმნა Wellcome Trust Sanger Institute-ის მიერ FASTA ფორმატირებული თანმიმდევრობისა და შესაბამისი ხარისხის მონაცემების შესაფუთად. ბიოინფორმატიკის სფეროში განვითარებით, FASTQ გახდა დე ფაქტო სტანდარტი მრავალი მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობის ინსტრუმენტების შესანახად.
FASTQ ფორმატი იყენებს ოთხ განსხვავებულ ხაზს თითო თანმიმდევრობით. ხაზი 1 იწყება @ სიმბოლოთი და მოჰყვება მიმდევრობის იდენტიფიკატორი (FASTA სათაურის ხაზის მსგავსი). ხაზი 2 შედგება ნედლი თანმიმდევრობის ასოებისგან. მე-3 სტრიქონში, თანმიმდევრობა იწყება "+" სიმბოლოთი და სურვილისამებრ მოჰყვება იგივე მიმდევრობის იდენტიფიკატორი.მე-4 სტრიქონი შიფრავს ხარისხის მნიშვნელობებს მე-2 სტრიქონში მიმდევრობისთვის და უნდა შედგებოდეს იმავე რაოდენობის სიმბოლოებისგან, როგორც ასოები თანმიმდევრობაში.
რა მსგავსებაა FASTA-სა და FASTQ-ს შორის?
- FASTA და FASTQ არის გასწორების ხელსაწყოები.
- ეს არის ორი მიმდევრობის წარმოდგენის ფორმატი.
- ორივე დაკავშირებულია ბიოინფორმატიკის სფეროსთან.
- FAST და FASTQ მნიშვნელოვანი ინსტრუმენტებია შენახვისა და თანმიმდევრობის მიზნებისთვის.
- FASTQ არის FASTA ფორმატის გაფართოება, თანმიმდევრობის ხარისხის შესანახად.
რა განსხვავებაა FASTA-სა და FASTQ-ს შორის?
FASTA არის ტექსტზე დაფუძნებული ფორმატი, რომელიც ინახავს მხოლოდ ნუკლეოტიდის ან ცილის თანმიმდევრობებს, ხოლო FASTQ არის ტექსტზე დაფუძნებული ფორმატი, რომელიც ინახავს როგორც თანმიმდევრობის, ასევე თანმიმდევრობის ხარისხის მნიშვნელობებს. ამრიგად, ეს არის მთავარი განსხვავება FASTA-სა და FASTQ-ს შორის. უფრო მეტიც, FASTA ინახავს თანმიმდევრობის ფრაგმენტებს რუკის შედგენის შემდეგ, ხოლო FASTQ ინახავს თანმიმდევრობის ფრაგმენტებს რუკების დახატამდე.გარდა ამისა, კიდევ ერთი განსხვავება FASTA-სა და FASTQ-ს შორის არის ის, რომ FASTA შედგება ერთი აღწერის ხაზისგან, ხოლო FASTAQ შედგება ოთხი ხაზისგან.
ქვემოთ მოცემული ინფოგრაფიკა წარმოგიდგენთ განსხვავებებს FASTA-სა და FASTQ-ს შორის ცხრილის სახით გვერდიგვერდ შედარებისთვის.
რეზიუმე – FASTA vs FASTQ
ბიოინფორმატიკა იყენებს თანმიმდევრობების სხვადასხვა ფორმატებს, როგორიცაა FASTA და FASTQ და ა.შ. FASTA ინახავს თანმიმდევრობის ფრაგმენტებს რუკების შედგენის შემდეგ, ხოლო FASTQ ინახავს თანმიმდევრობის ფრაგმენტებს რუკამდე. FASTA არის დნმ-ისა და ცილების თანმიმდევრობის გასწორების პროგრამა. იგი შედგება პროგრამებისგან ცილა: პროტეინი, დნმ: დნმ, ცილა: თარგმნილი დნმ (ჩარჩოების ცვლილებით) და მოწესრიგებული ან დაუგეგმავი პეპტიდების ძიება. FASTQ არის გასწორების პროგრამული უზრუნველყოფა, რომელიც გამოიყენება ბიოინფორმატიკის სფეროში და ინახავს როგორც ბიოლოგიურ თანმიმდევრობას (ჩვეულებრივ ნუკლეოტიდურ თანმიმდევრობას) ასევე მის შესაბამის ხარისხის ქულებს. FASTA შედგება ერთი აღწერის ხაზისგან, ხოლო FASTQ შედგება ოთხი ხაზისგან. ასე რომ, ეს აჯამებს განსხვავებას FASTA და FASTQ-ს შორის.
