საკვანძო განსხვავება კონტიგსა და ხარაჩოს შორის არის ის, რომ კონტიგს არ აქვს ხარვეზები, ხოლო ხარაჩო შედგება კონტიგებისა და ხარვეზებისგან.
მრავალუჯრედოვანი ორგანიზმების გენომის თანმიმდევრობა ძალიან რთულია ერთუჯრედიანი ორგანიზმების თანმიმდევრობასთან შედარებით. მთლიანი გენომის თოფის თანმიმდევრობა არის გენომის თანმიმდევრობის მარტივი და სწრაფი ტექნიკა მრავალუჯრედიანი გენომებისთვის. ეს არის მეთოდი, რომელიც პარალელურად ანაწილებს დნმ-ის ბევრ გადახურულ ფრაგმენტს. ამ მეთოდით, პატარა ფრაგმენტები იკრიბება უფრო დიდ ფრაგმენტებად და შემდეგ უფრო დიდ კონტეინერებად კომპიუტერის გამოყენებით. შემდეგ კონტიგები იკრიბება ხარაჩოებში და ბოლოს ქრომოსომაში. ამრიგად, კონტიგი არის ნუკლეოტიდური თანმიმდევრობების უწყვეტი მონაკვეთი, ხოლო ხარაჩო არის გენომის ნაწილი, რომელიც შედგება კონტიგებისა და ხარვეზებისგან.ორივე კონტიგი და ხარაჩო არის რეკონსტრუირებული გენომიური თანმიმდევრობა.
რა არის Contig?
Contig არის გენომიური თანმიმდევრობა. ეს არის მიმდევრობების უწყვეტი მონაკვეთი, რომელიც შედგება A, C, G და T ბაზებისგან. იგი წარმოიქმნება დნმ-ის რამდენიმე პატარა გადახურული ნაწილის უფრო გრძელი თანმიმდევრობით შეკრებით. მარტივი სიტყვებით, contig არის თანმიმდევრობის ფრაგმენტების ერთობლიობა. Contig-ის შექმნა გულისხმობს გადაფარვითი მიმდევრობის ფრაგმენტების იდენტიფიკაციას ლოკალური სტრიქონების შესატყვისი და გასწორების მეთოდების საფუძველზე, რომლებიც განსაზღვრავენ მიმდევრობების გადახურვის ბოლოებს.
კონტიგებს არ აქვთ ხარვეზები. ეს არის ხარაჩოს ნაწილი. ხარაჩოების შექმნისას კონტიგები ერთმანეთზეა მიჯაჭვული. ის მოითხოვს დამატებით ინფორმაციას გენომში კონტიგების შედარებითი პოზიციისა და ორიენტაციის შესახებ. ხარვეზები ჰყოფს კონტიგს ხარაჩოში.ძირითადად, კონტიგ აწყობა მნიშვნელოვანი ნაბიჯია მთელი გენომის თოფის თანმიმდევრობაში. კონტიგები საბოლოოდ იკრიბება სრულ გენომურ თანმიმდევრობაში. Contig ასამბლეა, როგორც წესი, მოითხოვს ალგორითმების გაგებას სტრიქონების შესატყვისსა და თანმიმდევრობის გასწორებაში.
რა არის ხარაჩო?
ხარაჩო არის რეკონსტრუირებული გენომიური თანმიმდევრობა ბოლო თანმიმდევრობით მთლიანი გენომის თოფის კლონებისგან. სტრუქტურულად, ხარაჩო შედგება კონტიგებისა და ხარვეზებისგან. აქედან გამომდინარე, ხარაჩოები იქმნება კონტიგების ერთმანეთთან მიჯაჭვით და მათი გამოყოფით. ხარაჩოების შექმნას სჭირდება ინფორმაცია გენომში კონტიგების შედარებითი პოზიციისა და ორიენტაციის შესახებ. მთელი გენომის თოფის შეკრება მიზნად ისახავს თითოეული გენომიური თანმიმდევრობის წარმოდგენას ერთ ხარაჩოში. მაგრამ, ეს სრულიად შეუძლებელია. აქედან გამომდინარე, ერთი ქრომოსომა შეიძლება წარმოდგენილი იყოს რამდენიმე ხარაჩოით. ზოგჯერ ხარაჩოები შეიძლება გადახურდეს. გარდა ამისა, ზოგიერთი ხარაჩო შეიძლება გაიფილტროს შეკრების დროს.
სურათი 02: მთლიანი გენომის თოფის შეკრების მიმოხილვა
ხარაჩოს უფსკრულის სიგრძე არ აჩვენებს მის ნამდვილ სიგრძეს. ზოგადად, ხარვეზები თვითნებურად არის დაყენებული გარკვეულ ფიქსირებულ სიგრძეზე. აქედან გამომდინარე, ეს ხარვეზები და გაურკვევლობა მათ სიგრძეში ქმნის პრობლემებს გენომებში ფუნქციური ელემენტების ჭეშმარიტი სივრცითი ურთიერთობების გაგებაში და დაკარგული ინფორმაციის რეალურ მასშტაბებში. ზოგჯერ ხარვეზები წარმოადგენს დაკარგული გენომიურ ინფორმაციას.
რა მსგავსებაა Contig-სა და Scaffold-ს შორის?
- კონტიგი და ხარაჩო არის გენომიური თანმიმდევრობა, რომელიც შედგება ნუკლეოტიდური თანმიმდევრობებისაგან.
- ხარაჩოები შედგება კონტიგებისა და ხარვეზებისგან.
რა განსხვავებაა Contig-სა და Scaffold-ს შორის?
კონტიგი არის უწყვეტი თანმიმდევრობა, რომელიც აწყობილია მიმდევრობის ფრაგმენტების ნაკრებიდან.ამის საპირისპიროდ, ხარაჩო არის გენომიური თანმიმდევრობის ნაწილი, რომელიც რეკონსტრუირებულია ერთმანეთთან მიჯაჭვული კონტიგებით. ასე რომ, ეს არის მთავარი განსხვავება კონტიგსა და ხარაჩოებს შორის. უფრო მეტიც, კონტიგებს არ აქვთ ხარვეზები, მაშინ როცა ხარაჩოში ღეროები გამოყოფილია ხარვეზებით.
ქვემოთ ინფოგრაფიკაში მოცემულია მეტი განსხვავება კონტიგსა და ხარაჩოებს შორის.
რეზიუმე – Contig vs Scaffold
ორივე კონტიგი და ხარაჩო არის რეკონსტრუქციული ნუკლეოტიდური თანმიმდევრობები მთელი გენომის თანმიმდევრობის პროექტებში. Contig არის გენომიური თანმიმდევრობის უწყვეტი მონაკვეთი, რომელიც შეიცავს A, C, G და T ბაზებს ხარვეზების გარეშე. ხარაჩო არის გენომიური თანმიმდევრობა, რომელიც შედგება კონტიგებისა და ხარვეზებისგან. მაშასადამე, უმოკლესი შეკრების კომპონენტები კონტიგებია, ხოლო ხარაჩოები კონტიგების შეკრებაა. საბოლოოდ, ხარაჩოები იკრიბება ქრომოსომებად მთლიანი გენომის თანმიმდევრობით.ამრიგად, ეს აჯამებს განსხვავებას კონტიგსა და ხარაჩოს შორის.
