მთავარი განსხვავება Golden Gate-სა და Gibson-ის ასამბლეას შორის არის ის, რომ Golden Gate ეყრდნობა შეზღუდვის ადგილების არსებობას კონკრეტულ მიმდევრობაში, რომელიც უნდა იყოს კლონირებული, ხოლო გიბსონის ასამბლეა არ ეყრდნობა შეზღუდვის ადგილების არსებობას კონკრეტულ მიმდევრობაში. იყოს კლონირებული.
გასული ათწლეულების განმავლობაში, მოლეკულურმა მეცნიერებმა შეიმუშავეს სხვადასხვა სტანდარტიზებული პროცედურები, რომლებიც იძლევიან საშუალებას დნმ-ის მრავალი ფრაგმენტის ერთ ნაწილად უფრო ადვილად შეკრება. ამიტომ, კლონირების მეთოდები, როგორიცაა შეზღუდვის ფერმენტის ლიგირება, კარიბჭის კლონირება, გიბსონის ასამბლეა, ოქროს კარიბჭის ასამბლეა და TOPO კლონირება, ფართოდ გამოიყენება მკვლევარების მიერ სამეცნიერო ექსპერიმენტებში.მაშასადამე, გოლდენ გეიტი და გიბსონის ასამბლეა არის მოლეკულური კლონირების ორი მეთოდი, რომელიც საშუალებას იძლევა დნმ-ის მრავალი ფრაგმენტის შეკრება ერთ ნაწილად.
რა არის Golden Gate ასამბლეა?
Golden Gate არის მოლეკულური კლონირების მეთოდი, რომელიც აადვილებს დნმ-ის მრავალი ფრაგმენტის ერთ ნაწილად შეკრებას. ეს მეთოდი ეყრდნობა შეზღუდვის ადგილების არსებობას კონკრეტულ მიმდევრობაში, რომელიც უნდა კლონირდეს. იგი წარმოიშვა 1996 წელს. ეს ტექნიკა იყენებს IIS ტიპის შემზღუდველ ფერმენტებს და T4 დნმ ლიგაზას. ეს ფერმენტები ჭრიან დნმ-ს ამოცნობის ადგილების გარეთ. მათ შეუძლიათ შექმნან არაპალინდრომული გადახურვები. მაშასადამე, დნმ-ის მრავალი ფრაგმენტი შეიძლება შეიკრიბოს გადახურვის მიმდევრობების კომბინაციების გამოყენებით.
სურათი 01: ოქროს კარიბჭე
ოქროს კარიბჭის შეკრების პროცედურა
ოქროს კარიბჭის ტექნიკას აქვს სამი ძირითადი საფეხური თავის პროცედურაში:
- გადახურვების შექმნა კლონირების ვექტორში,
- მრავალჯერადი დნმ-ის ჩანართების შეკრება ფრაგმენტის სპეციფიკური თანმიმდევრობების გამოყენებით გადახურვებში და
- ლიგაცია.
Golden Gate-ის ასამბლეა იყენებს წრიულ კლონირების ვექტორებს (დანიშნულების ვექტორი). გარდა ამისა, ამ მეთოდით, შეზღუდვის ადგილი ამოღებულია ლიგირებული პროდუქტიდან, რათა განხორციელდეს საჭმლის მონელება და ლიგირება ერთდროულად. ტიპიური თერმული ციკლის პროტოკოლი Golden Gate-ისთვის რხევა 37 °C-დან 16 °C-მდე, რადგან 37 °C ოპტიმალურია შემაკავებელი ფერმენტებისთვის და 16 °C ოპტიმალური ლიგაზებისთვის.
რა არის გიბსონის ასამბლეა?
გიბსონის ასამბლეა არის მოლეკულური კლონირების მეთოდი, რომელიც იძლევა დნმ-ის მრავალი ფრაგმენტის ერთ ნაწილად შეკრების საშუალებას. Golden Gate მეთოდისგან განსხვავებით, ეს მეთოდი არ ეყრდნობა შეზღუდვის ადგილების არსებობას კონკრეტულ მიმდევრობაში, რომელიც უნდა კლონირდეს.ის იპოვა ჯ. კრეიგ ვენტერის ინსტიტუტის დანიელ გ. გიბსონმა. ეს ტექნიკა არის თანმიმდევრობისა და ლიგაზას დამოუკიდებელი კლონირების მეთოდის ტიპი (SLIC).
სურათი 02: გიბსონის ასამბლეა
გიბსონის შეკრების პროცედურა
გიბსონის ასამბლეას სჭირდება დნმ-ის ფრაგმენტები, რომლებიც შეიცავს 20-40 ბაზის წყვილს, რომლებიც გადახურულია მიმდებარე დნმ-ის ფრაგმენტებთან. გადახურვები ემატება PCR-ის საშუალებით. შემდეგ ეს დნმ-ის ფრაგმენტები ემატება გიბსონის მასერის ნარევს, რომელსაც აქვს სამი ფერმენტი. ეს პროცედურა ტარდება იზოთერმულ პირობებში (50 °C 1 საათის განმავლობაში) სამი განსხვავებული ფერმენტის გამოყენებით: ეგზონუკლეაზა, დნმ პოლიმერაზა და დნმ ლიგაზა. ეგზონუკლეაზა ღეჭავს დნმ-ს მე-5 ბოლოდან. ამრიგად, ის არ აფერხებს პოლიმერაზას აქტივობას და საშუალებას აძლევს რეაქციას გაგრძელდეს ერთ პროცესში.მიმდებარე დნმ-ის ფრაგმენტებზე წარმოქმნილი ერთჯაჭვიანი უბნები შეიძლება განადგურდეს გადახურვის თანმიმდევრობების გამო. დნმ პოლიმერაზა ავსებს ხარვეზებს ნუკლეოტიდების დამატებით. საბოლოოდ, დნმ ლიგაზა კოვალენტურად უერთდება მიმდებარე სეგმენტების დნმ-ს. ჩვეულებრივ, გიბსონის ასამბლეა იყენებს ხაზოვანი დანიშნულების ვექტორებს. უფრო მეტიც, ამ მეთოდს შეუძლია ერთდროულად დააკავშიროს დნმ-ის 15-მდე ფრაგმენტი მიმდევრობის მსგავსების საფუძველზე.
მსგავსება გოლდენ გეიტსა და გიბსონის ასამბლეას შორის
- გოლდენ გეიტი და გიბსონის ასამბლეა მოლეკულური კლონირების ორი მეთოდია.
- ორივე მეთოდს შეუძლია დნმ-ის მრავალი ფრაგმენტის ერთ ნაწილად შეკრება.
- ეს მეთოდები იყენებს დანიშნულების ვექტორებს.
- ორივე მეთოდი იყენებს თერმოციკლერებს დნმ-ის მრავალი ფრაგმენტის შეკრებისთვის.
- ისინი გამოიყენება ადგილზე მიმართულ მუტაგენეზში.
სხვაობა გოლდენ გეიტსა და გიბსონის ასამბლეას შორის
ოქროს კარიბჭე არის მოლეკულური კლონირების მეთოდი, რომელიც გამოიყენება დნმ-ის მრავალი ფრაგმენტის ერთ ნაწილად შეკრებისას, რომელიც ეყრდნობა შეზღუდვის ადგილების არსებობას კონკრეტულ მიმდევრობაში კლონირებისთვის, ხოლო გიბსონის ასამბლეა არის მოლეკულური კლონირების მეთოდი, რომელიც გამოიყენება დნმ-ის მრავალი ფრაგმენტის შეკრება ერთ ნაწილად, კლონირებად კონკრეტულ მიმდევრობაში შეზღუდვის ადგილების არსებობის დაყრის გარეშე.ეს არის მთავარი განსხვავება გოლდენ გეიტსა და გიბსონის ასამბლეას შორის. გარდა ამისა, Golden Gate მეთოდი იყენებს წრიულ დანიშნულების ვექტორს, ხოლო გიბსონის ასამბლეის მეთოდი იყენებს ხაზოვანი დანიშნულების ვექტორს.
შემდეგი ინფოგრაფიკა ასახავს განსხვავებას Golden Gate-სა და Gibson-ის ასამბლეას შორის.
რეზიუმე - გოლდენ გეიტი გიბსონის ასამბლეის წინააღმდეგ
მოლეკულური კლონირება არის მეთოდი, რომელიც გამოიყენება რეკომბინანტული დნმ-ის მოლეკულების შეკრებისა და მათი რეპლიკაციის მიმართ მასპინძელ ორგანიზმებში. გოლდენ გეიტი და გიბსონის ასამბლეა არის მოლეკულური კლონირების ორი მეთოდი, რომელიც იძლევა დნმ-ის მრავალი ფრაგმენტის ერთ ნაწილად შეკრების საშუალებას. Golden Gate მეთოდი ეყრდნობა შეზღუდვის ადგილების არსებობას კონკრეტულ მიმდევრობაში, რომელიც უნდა კლონირდეს, ხოლო გიბსონის ასამბლეა არ ეყრდნობა შეზღუდვის ადგილების არსებობას კონკრეტულ მიმდევრობაში, რომელიც უნდა კლონირდეს. ამრიგად, ეს არის მთავარი განსხვავება გოლდენ გეიტსა და გიბსონის ასამბლეას შორის.
