ძირითადი განსხვავება – Probe vs Primer
მოლეკულური ზონდი არის დნმ-ის ან რნმ-ის მცირე ფრაგმენტი, რომელიც ამოიცნობს დნმ-ის ან რნმ-ის დამატებით თანმიმდევრობებს და იძლევა სამიზნე თანმიმდევრობის იდენტიფიკაციის საშუალებას. პრაიმერი არის დნმ-ის ან რნმ-ის მცირე მონაკვეთი, რომელიც ემსახურება დნმ-ის სინთეზის ამოსავალ წერტილს. პრაიმერები და ზონდები ჰიბრიდირებულია შაბლონის დნმ-ის ან სამიზნე დნმ-ის დამატებით ნუკლეოტიდებთან. თუმცა, მთავარი განსხვავება ზონდსა და პრაიმერს შორის არის ის, რომ პრაიმერები აუცილებელია დნმ-ის რეპლიკაციისთვის, ხოლო ზონდები აუცილებელია დნმ-ის ნიმუშის სპეციფიკური თანმიმდევრობის გამოსავლენად.
რა არის ზონდი?
ზონდი არის დნმ-ის ან რნმ-ის მცირე ფრაგმენტი, რომელიც გამოიყენება ნიმუშში სამიზნე დნმ-ის ან რნმ-ის გამოსავლენად მოლეკულური ჰიბრიდიზაციის გზით.ისინი ასევე ცნობილია როგორც მოლეკულური მარკერები. ზონდის სიგრძე შეიძლება განსხვავდებოდეს (100-დან 1000 ფუძამდე), ხოლო ზონდის ნუკლეოტიდები ავსებენ სამიზნე მიმდევრობის ნაწილს. გამოვლენის სიმარტივის მიზნით, ზონდები ეტიკეტირებულია რადიოაქტიური იზოტოპებით ან ფლუორესცენტური საღებავებით ან ანტისხეულებით. ზონდები უკავშირდებიან სამიზნე თანმიმდევრობის დამატებით ფუძეებს და აჩვენებენ სამიზნე დნმ-ის ან რნმ-ის არსებობას ნიმუშში. ზონდების მარკირების ორი ძირითადი მეთოდი არსებობს: ბოლო ეტიკეტირება და ნიკის თარგმანი. ზონდები იყოფა სხვადასხვა ტიპებად, მათ შორის დნმ-ის, რნმ-ის, cDNa ზონდებისა და სინთეზური ოლიგონუკლეოტიდების ზონდებად და ისინი მზადდება სხვადასხვა ტექნიკის გამოყენებით.
ზონდები მნიშვნელოვანი ინსტრუმენტებია მრავალ მიკრობულ და მოლეკულურ სფეროში, როგორიცაა ვირუსოლოგია, სასამართლო პათოლოგია, მამობის ტესტირება, დნმ-ის თითის ანაბეჭდი, გენეტიკური დაავადებების გამოვლენა, RFLP, მოლეკულური ციტოგენეტიკა, in situ ჰიბრიდიზაცია და ა.შ.
სურათი 01: ფლუორესცენტურად ეტიკეტირებული ზონდი, რომელიც გამოიყენება FISH-ში პათოგენის გამოვლენისთვის
რა არის პრაიმერი?
პრაიმერი არის დნმ-ის ან რნმ-ის მოკლე ფრაგმენტი, რომელიც დნმ-ის სინთეზის ინიციატორია. დნმ-პოლიმერაზას ფერმენტი ამატებს ნუკლეოტიდებს პრაიმერის თანმიმდევრობის 3' OH ჯგუფს და ასინთეზებს ახალ ჯაჭვს, რომელიც ავსებს შაბლონის დნმ-ს. პრაიმერები არის ძალიან მოკლე ფრაგმენტები, რომელთა სიგრძეა 18-დან 20 ნუკლეოტიდამდე. ისინი ქიმიურად სინთეზირებულია ლაბორატორიაში ინ ვიტრო დნმ-ის ამპლიფიკაციისთვის (PCR). პრაიმერებს შეიძლება ჰქონდეთ ნუკლეოტიდების ნებისმიერი თანმიმდევრობა, რადგან ისინი შექმნილია მომხმარებლის მიერ. ისინი სინთეზირებულია შაბლონის დნმ-ის დამატებითი ბაზების შესატყვისად. ამიტომ მას შეიძლება ჰქონდეს ნუკლეოტიდების ნებისმიერი თანმიმდევრობა. პრაიმერებს უდიდესი მნიშვნელობა აქვთ დნმ-ის რეპლიკაციისთვის, რადგან დნმ პოლიმერაზას არ შეუძლია ახალი დნმ-ის სინთეზირება დნმ-ის წინასწარი ნაწილის გარეშე. PCR-სთვის პრაიმერების შექმნისას გასათვალისწინებელია შემდეგი პუნქტები:
- პრაიმერი უნდა შეიცავდეს დამატებით ნუკლეოტიდებს დნმ-ის ფლანგური ბოლოსთვის, რომელსაც სურს გაძლიერება.
- პრაიმერებს უნდა ჰქონდეთ დნობის ტემპერატურა 55-დან 65-მდე 0C
- G და C შემცველობა უნდა იყოს 50-დან 60%-მდე.
ორი პრაიმერი გამოიყენება PCR-ში, როგორც წინდაწინ და ისე უკუ, ნიმუშის დნმ-ის ორივე ჯაჭვის გასამრავლებლად. პრაიმერები ჩვეულებრივ გამოიყენება PCR და დნმ-ის თანმიმდევრობის შესასრულებლად.
სურათი 02: პრაიმერის ანილირება PCR-ში
რა განსხვავებაა Probe-სა და Primer-ს შორის?
Probe vs Primer |
|
| ზონდი არის დნმ/რნმ-ის მცირე ფრაგმენტი, რომელიც გამოიყენება ნიმუშში სამიზნე თანმიმდევრობის არსებობის დასადგენად მოლეკულური ჰიბრიდიზაციის გზით. | პრაიმერი არის დნმ-ის ან რნმ-ის მცირე მონაკვეთი, რომელიც ემსახურება დნმ-ის რეპლიკაციის ამოსავალ წერტილს. |
| ფუნქცია | |
| ეს აღმოაჩენს კონკრეტული თანმიმდევრობის არსებობას დნმ-ის ან რნმ-ის ნიმუშში. | ეს მოქმედებს როგორც ამოსავალი წერტილი დნმ-ის სინთეზისთვის. |
| სიგრძე | |
| სიგრძე შეიძლება იყოს 100-1000 ბაზის დიაპაზონში | სიგრძე ზოგადად დაახლოებით 18-20 ფუძეა |
| შეკავშირება დამატებითი თანმიმდევრობით | |
| ზონდი ჰიბრიდირებულია სამიზნე თანმიმდევრობის დამატებითი ფუძეებით | პრაიმერი ანელებს დნმ-ის ჯაჭვების დამატებითი ბაზებით. |
| ეტიკეტირება | |
| ზონდები მონიშნულია ადვილად გამოვლენისთვის | პრაიმერები ჩვეულებრივ არ არის ეტიკეტირებული |
| გამოყენება PCR-ში | |
| ზონდები არ გამოიყენება PCR-ში | პრაიმერები გამოიყენება PCR-ში |
რეზიუმე – Probe vs Primer
ზონდი არის დნმ-ის ან რნმ-ის თანმიმდევრობის მცირე ფრაგმენტი, რომელიც შეიძლება იყოს ჰიბრიდირებული დამატებითი ნუკლეოტიდებით ნიმუშში სამიზნე თანმიმდევრობის გამოსავლენად. ზონდები იწერება რადიოაქტიურად, იმუნოლოგიურად ან ფლუორესცენტურად, რათა დაინახონ სამიზნე თანმიმდევრობის არსებობა. პრაიმერი არის ძალიან მცირე დნმ ან რნმ ფრაგმენტი, რომელიც მოქმედებს როგორც საწყისი წერტილი ინ ვიტრო დნმ-ის გაძლიერებისთვის. დნმ პოლიმერაზა განსაზღვრავს 3' OH ჯგუფის პრაიმერს და იწყებს შაბლონის შემავსებელი ახალი ჯაჭვის აგებას. ზონდები და პრაიმერები ანალოგიურად მუშაობენ დამატებით ნუკლეოტიდებთან ჰიბრიდიზაციის გზით.ამრიგად, ზონდსა და პრაიმერს შორის მთავარი განსხვავებაა მათი ძირითადი ფუნქცია.
